会社売却にかかる税金とは？スキーム別の計算方法と節税対策を徹底解説

会社を売ろうと決断したとき、多くの経営者が最初につまずくのが「税金」の問題です。「売却益の何割が税金で消えてしまうのか」「どんな節税策が使えるのか」「仲介会社から提案された条件は本当に妥当なのか」——こうした疑問を抱えたまま、売却交渉を進めている方は少なくありません。

実際のところ、会社売却にかかる税金は売却スキーム（株式譲渡か事業譲渡か）、株主が個人か法人か、売却規模がどれくらいかによって大きく変わります。個人株主が株式譲渡で売却した場合と、法人が事業譲渡で売却した場合とでは、税負担の水準も、使える節税策の種類もまったく異なるのです。

そこで本記事では、会社売却にかかる税金の基本構造から、スキーム別の計算方法、主な節税対策の仕組みと注意点、確定申告のタイミングまでを体系的に解説します。M&Aを検討しはじめた段階から実際に交渉を進めている段階まで、それぞれの局面で必要な税務知識を整理していますので、ぜひ意思決定の参考にしてください。

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会社売却とは——主な手法と税務上の特徴

まず、「会社売却」という言葉が指す具体的な手法と、それぞれの税務上の性格を整理します。手法を誤って選択すると、必要以上に税負担が増えることがあるため、出発点として押さえておく必要があります。

株式譲渡

株式譲渡とは、オーナー経営者が保有する自社株式を買い手に売却する方法です。会社という「器」はそのまま引き継がれ、株主だけが変わります。中小企業のM&Aで最も広く使われるスキームであり、売り手側の手続きが比較的シンプルである点が特徴です。

税務上は、株主が個人の場合と法人の場合とで課税のルールが大きく異なります。個人株主の場合は「申告分離課税」として、株式の売却益（譲渡所得）に一律20.315%の税率が適用されます。一方、法人株主の場合は株式売却益が法人の通常の利益と合算されて法人税の課税対象となります。

事業譲渡

事業譲渡とは、会社の株式ではなく、事業を構成する資産（設備、在庫、顧客リスト、ブランドなど）を売買し、負債については免責的債務引受などの方法で買い手に移転する手法です。負債は株式譲渡のように自動的に引き継がれるのではなく、債権者の個別同意が必要なケースがあります。株式譲渡とは異なり、会社そのものは売り手側に残ります。

税務上は、売り手が法人として利益を得るため、法人税等の対象となります。さらに、事業用資産の多くには消費税も課されるため、株式譲渡に比べて税負担が重くなりやすい傾向があります。なお、買い手側には不動産を含む場合に不動産取得税と登録免許税が発生します。

会社分割

会社分割とは、会社の事業の一部または全部を新設・既存の別会社に移転する手法です。適格要件を満たす場合は税制適格として課税を繰り延べることができ、節税策の一つとして活用されることもあります。ただし適格要件は複雑で、専門家による事前確認が必須です。

手法	売り手の課税主体	課税の仕組み	消費税
株式譲渡（個人株主）	個人	申告分離課税・一律20.315%	なし
株式譲渡（法人株主）	法人	法人税等（実効税率約22〜35%）	なし
事業譲渡（法人）	法人	法人税等（実効税率約31〜35%）	課税資産に10%
適格会社分割	法人	要件充足時は課税繰り延べ	原則なし

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株式譲渡による会社売却の税金

中小企業のM&Aにおいて最も多く用いられる株式譲渡の課税構造を、個人株主と法人株主に分けて説明します。

個人株主が株式を売却する場合

個人株主が非上場株式を売却して利益を得た場合、その利益（譲渡所得）は「申告分離課税」の対象となります。給与や事業所得などの「総合課税」の所得とは合算せず、20.315%の税率が一律に適用される点が特徴です。

税額の計算式は以下のとおりです。

譲渡所得＝株式売却代金－（取得費＋譲渡費用）

税額＝譲渡所得×20.315%

取得費は、株式を取得した際に支払った代金とその付随費用（購入手数料など）の合計です。創業者の場合、会社設立時の出資額が取得費となるケースが多いですが、M&Aの仲介手数料（成功報酬）は譲渡費用として控除できます。

取得費が不明な場合は、売却代金の5%相当額を概算取得費として使うことが認められています。ただし実際の取得費が5%を上回っている場合に限り有利な計算となるため、証憑書類の保管状況を確認することが重要です。

なお、税率の内訳は所得税15%、復興特別所得税0.315%（令和19年分まで）、住民税5%の合計20.315%です（国税庁「No.1463 株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」）。

計算例：個人株主が1億円で株式を売却した場合

項目	金額
売却代金	1億円
取得費	500万円
仲介手数料（譲渡費用）	500万円
譲渡所得	9,000万円
税額（20.315%）	約1,828万円
手取り	約7,172万円

この計算例はあくまで概算であり、役員退職金の活用等により税額が変わります。実際の金額は税理士に個別確認することをお勧めします。

個人株主の高額売却と「富裕層向け課税強化措置」への注意

2025年分の所得から、「特定の基準所得金額の課税の特例（極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置）」——通称「ミニマムタックス」——が適用されています。令和5年度税制改正で導入された制度で、基準所得金額が3億3,000万円を超える場合に、その超過分に22.5%を乗じた「最低所得税額」を基準として、通常の所得税額がこれを下回る差額分が追加で課されます（租税特別措置法第41条の19）。

影響が生じる所得水準は所得の構成（給与所得・株式譲渡所得・不動産譲渡所得の割合など）によって個人差があり、一律に「○億円から影響」とはいえません。大型の株式売却を予定する場合は、早めに税理士とともに個別シミュレーションを行うことが不可欠です。住民税（一律5%）はこの措置の対象外です。

また、令和8年度税制改正が2026年3月31日に国会で成立しており、令和9年（2027年）分以降はさらに課税が強化されます。具体的には特別控除額が3.3億円から1.65億円に引き下げられ、税率も22.5%から30%に引き上げられます。この改正により影響を受ける所得水準が大幅に広がるため、M&Aを検討するタイミングも含めて税理士に相談することが重要です（財務省「令和8年度税制改正（国税）について」）。

法人株主が株式を売却する場合

法人株主の場合、株式売却益は法人の通常の事業利益と合算して計算されます。個人のように一律20.315%という固定税率は適用されず、法人税・法人住民税・法人事業税等を合算した「実効税率」が適用されます。

中小法人（資本金1億円以下）の実効税率は所得規模や所在地によって異なりますが、おおむね25〜35%程度が目安です。東京都内の法人では約30〜35%を想定して試算されることが多く、大型売却の場合は個人株主より税負担が重くなることがあります。

法人株主の取得価額については、個人株主に認められる「概算取得費（売却代金の5%）」の特例は適用されません。株式取得時の諸費用は帳簿価額に含めて管理する必要があります。

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株式を発行会社に売却する場合の特殊な課税

会社が自社株式を買い取る「自己株式取得（金庫株）」の形で株式を売却する場合、通常の株式売却とは異なる課税が発生するため注意が必要です。

この場合、売却対価のうち「資本金等に相当する部分」を超えた金額が「みなし配当」として扱われます。みなし配当は、株式の売却益（譲渡所得）ではなく「配当所得」として課税されます。

非上場株式のみなし配当は原則として総合課税の対象となり、他の所得と合算して累進課税が適用されます。所得水準によっては、申告分離課税（一律20.315%）で済む通常の株式譲渡より税率が大幅に高くなるケースがあります。ただし、配当控除の適用により一定額が軽減される場合もあり、実際の課税関係は申告方法や株主属性によって異なるため、税理士への確認が不可欠です。

金庫株を使った会社売却やMBOの場面では、この「みなし配当課税」が予期せぬ税負担につながることがあります。スキームの設計段階で税理士や弁護士に確認することが不可欠です。

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事業譲渡による会社売却の税金

事業の一部または全部を売却する「事業譲渡」では、株式譲渡と異なる税金が複数発生します。売り手が法人のケースを中心に解説します。

法人税等（売り手側の主要な税負担）

売り手法人が事業を譲渡して利益を得た場合、その利益は法人の通常の課税所得に含まれ、法人税・法人住民税・法人事業税等の対象となります。

課税対象となる譲渡損益は、簡略化すると「譲渡対価と移転した資産・負債の帳簿価額との差額」として計算されます。具体的には各資産・負債ごとに譲渡価額が配分され、移転資産の簿価から引受負債の簿価を差し引いた純資産簿価を上回る部分が益金として法人所得に反映されます。

目安となる概算式：譲渡益の概算 ≒ 譲渡対価 ―（移転資産の簿価合計 ― 引受負債の簿価合計）

ただし実際の損益計算は各資産・負債への対価配分の方法や時価評価の扱いによって変わります。詳細な試算は必ず税理士に依頼してください。

実効税率は中小法人でおおむね31〜35%程度とされています。株式譲渡（個人20.315%）と比較して実効税率が高い点が、事業譲渡の税務上のデメリットとして指摘されることがあります。

なお、事業譲渡の場合は繰越欠損金（赤字の繰越し）を活用できる可能性があります。会社に繰越欠損金がある場合、これを譲渡益と相殺することで法人税の課税対象を圧縮できます。

消費税（事業譲渡特有の税負担）

事業譲渡では、売却する資産の大部分に消費税（10%）が課されます。消費税は形式上、売り手が買い手から預かって納税する性質のものです。ただし、売り手が課税事業者である場合、課税資産の仕入れに係る消費税との相殺（仕入税額控除）によって実質的な負担が軽減または中立になるケースもあります。一方、売り手側の控除できる仕入消費税が少ない場合には実質的な納税負担が生じます。いずれにせよ、消費税のキャッシュフロー影響も含めて事前に試算することが重要です。

消費税の課税対象となる主な資産は、棚卸資産・建物・構築物・機械装置・特許権・のれん（営業権）などです。一方、土地・有価証券・売掛金等の債権は非課税です。

注意が必要なのは、消費税は損益（事業の黒字・赤字）ではなく取引の実態に基づいて課される点です。課税売上となる資産の譲渡が行われる限り、事業譲渡益がゼロまたはマイナスであっても消費税の申告・納税義務は生じます。ただし実際の納税額は仕入税額控除の状況によって変動します。また、のれん（超過収益力を反映した金額）も課税資産として消費税の対象となるため、のれんが大きいほど消費税の申告額も増える傾向があります。

印紙税

事業譲渡に際して締結される譲渡契約書が課税文書に該当する場合、契約金額に応じた印紙税が課されます。契約金額に応じて税額が異なり、例えば1億円超5億円以下の契約書の印紙税額は10万円、5億円超10億円以下は20万円が目安です（国税庁「No.7140 印紙税額の一覧表」、2026年時点。最新税率は国税庁で確認してください）。なお、事業譲渡契約書の内容によっては課税文書への該当性の確認が必要な場合もあります。

事業譲渡でのれんが発生する場合の注意点

のれんとは、会社の純資産額を超えた売却価格の部分、すなわち「目に見えない価値（顧客基盤・ブランド力・技術力など）」に相当する金額です。

事業譲渡では、このれんに相当する部分は譲渡対価のうち無形資産の価値として扱われ、消費税の課税資産の譲渡として消費税（10%）の対象となります。一方、株式譲渡ではのれんは株式売却代金に織り込まれた形となり、消費税は発生しません。のれんの大きさによっては、スキームの選択が税負担に大きな差をもたらすことがあります。

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会社売却で使える節税対策——仕組みと注意点

会社売却に際して活用できる主な節税策を解説します。いずれも要件や手続きがあり、乱用や誤用は後から税務上の問題につながることがあります。スキームの構築は必ず税理士と事前に検討してください。

役員退職金（退職慰労金）の活用

オーナー経営者がM&Aを機に退任する際、会社から役員退職金を受け取ることで株式譲渡所得を圧縮する方法です。実務上、最も広く用いられる節税策の一つです。

退職金は「退職所得」として課税されますが、退職所得には次の二つの優遇措置があります。

• 退職所得控除（勤続年数が長いほど控除額が大きい。20年超の場合は800万円＋70万円×（勤続年数－20年））
• 退職所得控除後の残額を2分の1にしてから所得税を計算する「2分の1ルール」

例えば、勤続30年の経営者が2,300万円の退職金を受け取った場合、退職所得控除は1,500万円（800万円＋70万円×10年）となり、課税退職所得は（2,300万円－1,500万円）×1/2＝400万円となります。税率は400万円に対する累進課税率が適用され、税負担は大幅に軽減されます。

一方、退職金を支払った会社（売却対象会社）では、適正額の範囲内で損金算入でき、法人税を圧縮できるという効果もあります。

ただし、退職金の「適正額」には税務上の上限があります。一般的な目安は「最終報酬月額×役員勤務年数×功績倍率（通常2〜3倍程度）」とされており、この水準を著しく超えた退職金は税務調査で否認されるリスクがあります。また、役員の勤続年数が5年以下の場合は「2分の1ルール」が適用されないため（特定役員退職手当等）、注意が必要です。

会社分割の併用

売却したい事業と売却不要な資産（遊休不動産など）を会社分割によって切り分け、買い手が求める事業部分だけを売却する方法です。

買い手にとって不要な資産を分離した後で売却することで、企業価値の評価が純化され、結果として売却代金の妥当性が高まる効果もあります。また、適格会社分割の要件を満たす場合は、課税の繰り延べが認められています。

この手法は手続きが複雑で、弁護士・税理士・司法書士との連携が不可欠です。スケジュールも通常のM&Aより長くなるため、早期に専門家に相談することが重要です。

第三者割当増資の活用

第三者割当増資とは、買い手に対して新株を発行することで、既存オーナーの持株比率を下げ、実質的な経営権を移転する方法です。この場合、オーナーは株式の「売却」ではなく「希薄化」によって経営権を譲るため、原則として既存株主に株式譲渡益課税は生じません。

ただし、新株の払込金額が時価と比べて著しく低い場合（有利発行）は、既存株主や受け取った買い手に対してみなし贈与課税や法人税課税が生じるリスクがあります。適正な株価算定を前提とした払込金額の設定が不可欠です。また、残存する少数株主との関係整理や株主総会決議の要件など、法務上の論点も多く、単独では使いにくい手法です。

繰越欠損金の活用

事業譲渡スキームを選択した法人の場合、会社に繰越欠損金（過去の赤字の繰越し）がある場合は、それを事業譲渡益と相殺して法人税の課税対象を圧縮できます。

ただし、繰越欠損金を使う目的で意図的にM&Aの直前に欠損を作り出すような行為は否認リスクがあります。あくまで実態としての繰越欠損金の活用に限られます。

概算取得費の特例と相続特例

個人株主が株式の取得費を証明できない場合、売却代金の5%を取得費として申告できます（概算取得費）。業歴の長い創業者の場合、実際の出資額が現在の売却額の5%を下回るケースはほぼないため、あくまで取得費が不明な場合の保護的な措置と理解してください。

また、相続によって取得した資産を売却する場合に適用できる「相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例」（相続税額の一部を譲渡所得の取得費に加算できる制度）など、一部のケースでは追加の税務優遇措置が設けられています。適用要件が限定的であるため、実際のケースに当てはまるかどうかは税理士に確認してください。

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税務上の注意点——見落としやすい落とし穴

節税策の検討と並んで重要なのが、税務リスクを回避するための注意点です。以下に、実務でよく問題となるポイントを整理します。

株式の取得価額が著しく低い場合の問題

M&A直前に、オーナーから親族等に株式を低廉譲渡した場合、「みなし贈与」として贈与税の問題が生じることがあります。また、第三者間でも著しく低い価格での取引は税務調査で問題視されるリスクがあります。株式の時価評価（非上場株式の場合は財産評価基本通達等による評価）を踏まえた取引価格の設定が必要です。

確定申告のタイミング

個人株主が株式を売却した場合、翌年の確定申告（原則として翌年2月16日〜3月15日）で申告分離課税として申告します。住民税は所得税の確定申告に基づいて計算されます。

法人株主の場合は、株式売却益を含む法人の決算期に法人税申告を行います。事業年度末から原則2ヶ月以内が申告期限です。

事業譲渡の消費税については、売り手法人の確定申告の際に消費税の申告・納税も行います。

税務調査リスクと「適正な価格」

株式売却価格が著しく高い場合や、役員退職金が功績倍率の水準を大幅に超える場合は、税務調査で問題となることがあります。特に、同族会社間や利害関係者との取引では、取引価格の合理性を説明できる根拠（企業価値評価書など）を整備しておくことが重要です。

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会社売却の税務を踏まえた事前準備チェックリスト

売却前に確認・準備しておきたい主要項目を以下にまとめます。

• 株主構成の確認（個人株主か法人株主か、持株比率）
• 株式の取得費・取得経緯の証憑書類の確認・整備
• 繰越欠損金の残高確認（事業譲渡スキームで使える可能性がある場合）
• 役員就任年月日と報酬月額の確認（退職金スキームの試算に必要）
• 会社の主要資産に不動産・不動産権利が含まれるかの確認（事業譲渡時の消費税・取得税の試算）
• スキーム別の税額シミュレーションを税理士に依頼
• 高額売却となる場合は「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置」（ミニマムタックス）の影響を税理士と試算（2025年以降、2027年分からさらに強化予定）
• M&Aアドバイザーから提示された条件（特に企業価値評価、手数料計算）の妥当性を第三者に確認
• 売却後の確定申告スケジュールを税理士と事前確認

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よくある質問（FAQ）

Q1. 会社を1億円で売却したとき、個人株主の税金はいくらになりますか？

概算では、取得費・譲渡費用を差し引いた譲渡所得に20.315%を掛けた金額が税額の目安です。仮に取得費と仲介手数料の合計が1,000万円だった場合、譲渡所得は9,000万円となり、税額はおよそ1,828万円です。ただし役員退職金の活用などで税負担を下げる余地があるため、税理士に個別シミュレーションを依頼することをお勧めします。

Q2. 株式譲渡と事業譲渡では、どちらが税負担が少ないですか？

一般的に、個人株主が株式譲渡で売却する場合は20.315%の固定税率が適用されるため、法人課税（実効税率31〜35%程度）より税率水準が低い傾向があります。一方、事業譲渡では消費税が発生する点も加味する必要があります。ただし売却資産の内容・会社の財務状況・節税策の活用可否によって最適なスキームは変わります。必ずスキーム別で試算を行い、税理士の意見を踏まえて判断してください。

Q3. 会社売却後、いつ確定申告が必要ですか？

個人株主が株式を売却した場合は、売却した翌年の2月16日〜3月15日に確定申告が必要です。住民税は翌年6月以降に普通徴収または特別徴収されます。法人株主の場合は、売却益を含む事業年度終了後2ヶ月以内に法人税の申告・納税を行います（延長申請制度あり）。

Q4. 役員退職金を使った節税は、金額に上限がありますか？

法律上の明確な上限金額はありませんが、税務上は「不相当に高額な部分」は損金算入が否認される可能性があります。実務上の目安は「最終報酬月額×勤続年数×功績倍率（通常2〜3倍程度）」です。この水準を大幅に超えた退職金は税務調査で問題となるリスクがあるため、税理士との事前確認が不可欠です。

Q5. 高額所得者向けの課税強化措置（ミニマムタックス）とは何ですか？

2025年分の所得から、「特定の基準所得金額の課税の特例（極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置）」が適用されています。基準所得金額が3.3億円を超える場合、その超過分に22.5%を乗じた金額と通常の所得税額との差額が追加課税される仕組みです。影響が生じる所得水準は所得の構成によって異なるため、大型売却を予定する場合は税理士による個別シミュレーションが必要です。

なお、令和8年度税制改正（2027年分以降）でこの制度はさらに強化され、特別控除額が1.65億円に引き下げられ税率も30%に引き上げられる予定です。住民税（5%）はこの措置の対象外です。

Q6. 株式譲渡に消費税はかかりますか？

株式（有価証券）の売却は消費税の非課税取引です。株式譲渡スキームでは、売り手・買い手のいずれにも消費税は発生しません。この点は、資産の多くに消費税が課される事業譲渡との大きな違いです。

Q7. M&Aの仲介手数料は税金の計算で控除できますか？

個人株主の株式譲渡の場合、M&A仲介会社や財務アドバイザーへの成功報酬は「譲渡費用」として譲渡所得の計算上控除できます。法人株主の場合は費用として損金算入が可能です。ただし費用として認められるためには、M&Aに直接関連する費用であることを証明できるよう、請求書・領収書等を適切に保管してください。

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税金は「条件の妥当性を確認する視点」でも重要

会社売却における税務は、単に「いくら持っていかれるか」を知るだけでなく、「仲介会社やアドバイザーから提示された売却条件が本当に自分にとって有利かどうか」を判断するうえでも重要な視点です。

同じ売却代金であっても、スキームの設計や節税策の活用可否によって手取り額は数百万円から数千万円単位で変わることがあります。特に企業価値の評価方法や手数料の計算方式については、売り手が不利な条件を見落としやすい場面でもあります。

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まとめ

会社売却にかかる税金の全体像を以下に整理します。

• 株式譲渡（個人株主）は申告分離課税・一律20.315%。取得費と譲渡費用を差し引いた譲渡所得に課税される。2025年以降は高額所得者に「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置」（通称ミニマムタックス）が適用される可能性があり、令和9年（2027年）分からはさらに強化が予定されている。
• 株式譲渡（法人株主）は法人税等として実効税率25〜35%程度。売却益が他の事業利益と合算される。
• 事業譲渡では法人税等（実効税率31〜35%）に加え、課税資産に10%の消費税が発生する。株式譲渡より税負担が重くなりやすい。
• 主な節税策として役員退職金の活用、会社分割の併用、繰越欠損金の活用などがある。いずれも要件確認と事前設計が必要。
• 確定申告は個人株主であれば売却翌年の確定申告期間に申告分離課税として申告する。

税務の判断は会社の状況や売却スキームによって大きく異なります。スキーム選択・節税策の設計・確定申告の手続きなど、各段階で税理士・弁護士等の専門家への確認を怠らないようにしてください。また、仲介会社から提示される条件の妥当性については、利害関係のない第三者の視点からの確認も有効です。

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