事業売買とは？目的・メリット・スキーム・税金・流れを売り手目線で徹底解説

2026年5月11日

「事業を売りたいが、何から始めればいいかわからない」「会社ごと売るのと事業だけ売るのは、何が違うのか」——そんな疑問を抱えて情報収集している経営者の方は、決して少なくありません。

事業売買は、後継者問題を抱えた中小企業経営者にとっても、特定事業の切り出しを検討している大企業オーナーにとっても、非常に重要な選択肢です。しかし、専門用語や手続きの複雑さから「難しそう」と感じてしまい、検討を後回しにしてしまうケースも多く見受けられます。

情報格差によって売り手が不利な立場に置かれることがないよう、本記事では事業売買の基礎知識から、目的・メリット・デメリット・税金・手続きの流れまで、売り手経営者の視点に立って体系的に解説します。

この記事の監修者

M&Aセカンドオピニオン協会

代表理事 森沢雄太

外資系銀行でのウェルスマネジメント業務を経て、日本M&Aセンターに入社。譲渡側アドバイザーとして100件超の成約に関与し、野村證券出向や福岡支店立ち上げも経験。2018年に日本投資ファンド立ち上げに参画し、投資先の再生にも成功。2022年、合同会社M&Aプレップを創業し、仲介会社・ファンドへの支援やオーナー向け売却準備、買収支援など幅広く展開。2024年には売却支援事業拡大のため株式会社企業経営支援機構を設立し代表に就任。加えて、M&Aにおける利益相反や情報格差の是正を目的とし、代表理事として一般社団法人M&Aセカンドオピニオン協会を設立。

事業売買とは何か

事業売買とは、ある企業が保有する事業の一部または全部を、対価（金銭など）と引き換えに他者に移転する取引のことを指します。「企業売買」「M&A（Mergers and Acquisitions）」と並んで語られることが多い言葉ですが、厳密には異なる概念です。

近年、中小企業庁の調査においても後継者不在率の問題が指摘されており、事業承継の手段としての事業売買・M&Aへの関心が高まっています。帝国データバンクの2024年調査によると、全国の企業の後継者不在率は52.1%とされており、依然として約半数の企業で後継者が不在または未定という状況が続いています。足元では不在率が改善傾向にあるとの調査もありますが、経営者の高齢化自体は継続しており、事業売買・M&Aによる承継の選択肢はますます重要になっています。以前は大企業間の取引というイメージが強かった事業売買ですが、現在はインターネット上のM&Aプラットフォームの普及もあり、中小企業や個人事業主でも身近な選択肢となっています。

事業譲渡・会社売却との違い

事業売買を理解するうえで、まず整理しておきたいのが「事業譲渡」「会社売却（株式譲渡）」との違いです。

事業譲渡とは、会社が保有する特定の事業（資産・負債・契約・人材など）を個別に特定して移転する手法です。会社そのものは存続し、売却した事業以外の部分は引き続き経営者の手元に残ります。たとえば、複数の事業を展開している会社が、そのうちの一つの事業部門だけを売却するケースが代表的です。

一方、会社売却（株式譲渡）とは、会社の株式を売却することで会社の経営権ごと買い手に移転する手法です。この場合、会社に紐づくすべての資産・負債・契約・従業員がそのまま引き継がれます。

事業売買という言葉は、これらの手法を総称して使われることが多く、文脈によって「事業の一部売却（事業譲渡）」を指す場合と、「会社全体の売却（株式譲渡）」を含む広義の意味で使われる場合があります。本記事では広義の概念として整理しながら、各手法の特徴もあわせて解説します。

事業売買が選ばれる主な目的

経営者が事業売買を検討するきっかけは一様ではありません。状況によって動機は異なりますが、実際に多く見られる目的を整理します。

後継者問題の解決（事業承継）

中小企業において最も多い動機が、後継者不在による事業承継です。経営者が高齢化しても後継ぎとなる家族や社内人材がいない場合、廃業という選択ではなく、事業売買によって会社を存続させることができます。従業員の雇用を守りつつ、長年培ってきた技術やノウハウ、顧客基盤を次世代に引き継ぐ手段として、事業売買は有効な選択肢です。

資金調達・財務改善

事業の一部を売却することで、まとまった資金を獲得できます。その資金をコア事業への集中投資や借入金の返済、新たな事業展開の原資として活用するケースも少なくありません。複数事業を抱えてリソースが分散している企業が、選択と集中の観点からノンコア事業（自社の中核ではない事業）を売却する例も増えています。

事業ポートフォリオの見直し

市場環境の変化や競合状況の激化を受け、一部事業の成長性や収益性が見通せなくなった場合、早期に売却して経営資源を再配置するという判断が取られることがあります。事業を「持ち続けること」が必ずしも最適解ではなく、売却してより成長が見込める事業に集中するという経営判断は、企業価値を高めるうえで合理的です。

リスクの軽減

特定事業に起因するリスク（法規制の変化、業界構造の変化など）を切り離すために売却を選ぶケースもあります。また、経営者自身の健康上の理由や、家庭の事情によって経営継続が難しくなった場合にも、事業売買が解決策となり得ます。

事業売買の主なスキーム（手法）

事業売買にはいくつかの手法（スキーム）があり、それぞれ手続きや税務上の扱い、移転される権利義務の範囲が異なります。

事業譲渡

事業譲渡は、売り手企業が「どの資産・負債・契約を移転するか」を個別に特定して売却する手法です。会社全体を移転する株式譲渡と異なり、売り手は不要な資産や簿外債務を切り離したうえで必要な部分のみを売却できます。

ただし、個々の契約（取引先との契約、従業員との雇用契約など）を新会社（買い手）との間で結び直す必要があり、手続きが煩雑になりやすい点には注意が必要です。また、競業避止義務（同一・隣接地域での同種事業を一定期間禁止される制約）が法律上当然に発生します（会社法21条）。

株式譲渡

株式譲渡は、売り手株主が保有する株式を買い手に譲渡することで、会社の経営権ごと移転する手法です。会社に紐づくすべての権利義務がそのまま引き継がれるため、手続きは比較的シンプルです。許認可や契約の移転手続きが原則不要なことも、実務上のメリットといえます。

一方で、買い手にとっては会社に紐づく潜在的な債務（未払い残業代、税務リスクなど）もそのまま引き継ぐことになるため、デューデリジェンス（後述）が特に重要になります。売り手の立場からは、会社全体がそのまま移転することを意味します。

会社分割

会社分割は、事業の一部を切り離して別会社（新設会社または既存の会社）に移転する手法です。新設分割と吸収分割の2種類があります。手続きや税務処理が複雑になりやすく、規模の大きい企業間の取引で活用されることが多いスキームです。

売り手にとってのメリット

事業を売却する側（売り手）にとって、どのようなメリットがあるかを整理します。

事業・雇用を存続できる

廃業を選んだ場合、従業員は職を失い、顧客は困惑し、長年の取引先との関係も消滅します。事業売買を活用することで、これらを守りながらバトンを次の経営者に渡すことが可能です。「自分の代で終わりにしたくない」という経営者の思いに応えられる手段が事業売買です。

まとまった売却対価を得られる

事業や会社には、これまで積み上げた「のれん」（ブランド力・顧客基盤・技術力・人材など、財務諸表に現れない無形の価値）が存在します。事業売買では、この価値を対価として受け取ることができます。廃業ではゼロになってしまうこれらの価値が、売却によって現金化できる点は大きなメリットです。

事業譲渡では経営権の一部を手元に残せる

事業の一部を譲渡する場合、残った事業は引き続き経営できます。「一部の事業は売却して資金を得ながら、主力事業は自分で継続したい」というニーズにも対応できます。

個人保証・担保から解放される可能性がある

会社の株式譲渡が成立し経営権が移転した場合、一定の手続きを経ることで、これまで個人で負っていた借入金の保証債務や担保設定から解放される可能性があります（金融機関との交渉が必要な場合があります）。

売り手にとってのデメリット・注意点

メリットと同様に、売り手が事前に理解しておくべきデメリットや注意点もあります。

株式譲渡と比べて事業譲渡は税負担が大きい

事業譲渡を行った法人には法人税が課税されます。株式譲渡であれば個人株主に原則として20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%）の税率で課税されるのが基本ですが、事業譲渡は法人段階での課税（法人税・地方法人税等）と、その後の配当または清算時の課税という二重課税が生じるケースがあります。スキームの選択は税務上の影響が大きいため、専門家への確認が欠かせません。

競業避止義務が生じる（事業譲渡の場合）

事業譲渡を行った会社は、会社法21条1項により、当事者間で別段の合意がない限り、同一の市区町村および隣接する市区町村において、事業を譲渡した日から20年間は同一事業を行ってはならないと定められています。これは契約書に明記しなくても当然に生じる法定義務です。なお、同条2項に基づき、当事者の合意（特約）によって期間を短縮したり、最長30年まで延長する特約を設けることも可能です。実務上は条文どおりの20年をそのまま適用するケースは少なく、5〜10年程度に短縮して定めることも珍しくありません。この制約の内容と交渉余地を十分に理解したうえで契約に臨む必要があります。

希望価格がつかない可能性がある

自社では高く評価している事業であっても、買い手の視点では期待するほど価値が評価されないことがあります。適切な価格算定の根拠を持たずに交渉に臨むと、買い手側の論理だけで価格が決まってしまうリスクがあります。

従業員・取引先への説明が必要

従業員にとって、経営者や会社の変更は大きな不安材料になります。事業売買の過程での情報管理や、成立後の従業員への丁寧な説明は、スムーズな移行のために重要です。また、取引先との契約を再締結する場合（主に事業譲渡）には、取引先の承諾が必要なケースもあります。

事業価値の算出方法

「自社の事業はいくらで売れるのか」は、多くの経営者が最初に抱く疑問です。事業価値の算定には代表的な3つのアプローチがあります。

コストアプローチ（純資産法）

貸借対照表上の純資産（資産から負債を差し引いた額）をもとに価値を算定する方法です。財務諸表に基づく客観的な数値が基礎になるため理解しやすい一方で、「のれん」など財務諸表に現れない無形の価値が反映されにくいという特徴があります。中小企業のM&Aでは「時価純資産＋営業権（のれん）」の形で算定されることが多く、営業権については年間利益の数年分（2〜5年程度を一つの目安とするケースもありますが、業種・規模・成長性によって大きく異なります）として検討されることがあります。

マーケットアプローチ（マルチプル法）

上場企業や類似取引事例の財務指標（EBITDA：利払前・税引前・減価償却前利益）に一定の倍率（マルチプル）を掛けて価値を算定する方法です。市場での実際の取引に基づく客観性があるため、特に一定規模以上の企業では参考値として活用されます。なお、EBITDAとは「Earnings Before Interest, Taxes, Depreciation and Amortization」の略で、支払利息・税金・減価償却費を差し引く前の利益を指します。金利水準や税率、減価償却方法の違いを排除できるため、事業の本来の収益力を測る指標として国内外のM&A実務で広く使われています。

インカムアプローチ（DCF法）

DCF（Discounted Cash Flow）法とは、将来にわたって事業が生み出すキャッシュフローを予測し、現在の価値に換算して企業価値を算定する方法です。将来収益力が高い成長企業の評価に適していますが、将来の予測前提によって算定結果が大きく変わるため、買い手と売り手の間で前提の合意が重要になります。

実際のM&Aでは、これら複数のアプローチを組み合わせて最終的な価格交渉が行われます。

事業売買にかかる税金

事業売買における税金の取り扱いは、スキームによって大きく異なります。売り手にとって最も気になるポイントの一つですので、概要を整理します。

法人が事業譲渡を行う場合

法人が事業譲渡を行った場合、譲渡によって生じた利益（譲渡対価から譲渡した資産・負債の帳簿価額を差し引いた額）は、法人の事業年度の益金として計上され、法人税・地方法人税・法人住民税・法人事業税の課税対象となります。また、事業譲渡では課税資産（棚卸資産・設備・のれん等）の移転に消費税が課税されます。消費税の納税義務は売り手側に生じ、売り手が買い手から消費税相当額を受け取ったうえで税務申告時に納付する仕組みです（土地など非課税資産への消費税は発生しません）。

個人事業主が事業譲渡を行う場合

個人事業主が事業を譲渡した場合、事業用資産の売却益は事業所得または譲渡所得として課税されます。どちらの所得区分になるかは資産の種類によって異なります。

株式譲渡を行う場合（個人株主）

個人株主が株式を売却した場合、売却益（譲渡所得）に対して、原則として20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%）の税率で課税されます。事業譲渡と比較して税負担が軽くなるケースも多いとされていますが、金融所得課税の見直しがたびたび議論されており、税制は今後改正される可能性があります。最新の制度については必ず専門家に確認するようにしてください。

税金面の影響は、M&Aスキームの選択によって大きく変わります。必ず税理士・公認会計士等の専門家に確認したうえで判断してください。

事業売買の手続き・流れ

実際の事業売買はどのような流れで進むのでしょうか。一般的な手順を整理します。

まず、売り手は売却する事業の範囲・売却希望価格・希望する売却先の条件などを整理する「売却準備」を行います。財務資料や事業概要をまとめた資料（IM：インフォメーション・メモランダム）の作成も、この段階で進めます。

次に、M&A仲介会社やM&Aアドバイザーを通じて買い手候補へのアプローチを行います。秘密保持契約（NDA）を締結したうえで、候補先に情報を開示します。

買い手候補から条件提示があった場合、条件交渉を経てLOI（基本合意書）を締結します。LOIとは、価格・スキーム・スケジュールなど主要条件について双方が合意した内容を書面化したもので、拘束力のある条項と拘束力のない条項が混在するため、内容の確認が重要です。

基本合意後、買い手側によるデューデリジェンス（DD）が実施されます。DDとは、買い手が対象事業の実態（財務・法務・ビジネス等）を詳細に調査するプロセスで、通常数週間〜数ヶ月かかります。

DDの結果を踏まえて最終的な条件を調整し、DA（最終契約書：事業譲渡契約書または株式譲渡契約書）を締結します。その後、定められたクロージング日（取引完了日）に対価の支払いと権利移転が行われ、取引が完了します。

デューデリジェンス（DD）とは

デューデリジェンス（Due Diligence / DD）とは、M&Aにおいて買い手が対象事業・会社を精査する調査プロセスです。「買う前に徹底的に調べる」という意味合いがあり、M&Aの成否を左右する重要なプロセスです。

売り手にとっては、調査への対応に一定の労力がかかるとともに、財務・法務・労務等の問題点が発見された場合に価格の見直しや条件変更が求められることもあります。

主な調査領域としては、財務デューデリジェンス（財務諸表の精査・実態純資産の確認・不正経理の有無など）、法務デューデリジェンス（契約書・訴訟リスク・知的財産・許認可の確認など）、ビジネスデューデリジェンス（競合環境・顧客構造・事業の持続可能性などの確認）があります。

DDで問題が発覚した場合に備え、最終契約書には表明保証条項が設けられることが一般的です。表明保証とは、売り手が「提供した情報に重大な虚偽がない」ことを保証する条項で、虚偽があった場合には損害賠償の対象となり得ます。売り手にとっては、情報開示の正確性が非常に重要である点を理解しておく必要があります。

売り手が見落としがちな重要ポイント

事業売買の経験者の声や実務上の観点から、売り手が特に注意すべきポイントをお伝えします。

許認可・免許の移転

飲食業・建設業・介護事業・医療関連など、事業に許認可が必要な場合、事業譲渡では買い手が改めて許認可を取得する必要があります。許認可の取得に時間を要する業種では、クロージングのスケジュールが後ろ倒しになることも珍しくありません。事前に所轄官庁への確認を行い、スケジュールへの影響を見積もっておくことが重要です。

「のれん」の正しい理解

のれんとは、純資産を超えて支払われる超過収益力の価値です。財務諸表には直接現れませんが、売却価格の算定において大きな意味を持ちます。長年培ってきたブランド、顧客との信頼関係、従業員のスキル、独自の製造ノウハウ——これらはすべてのれんの構成要素です。自社の強みを客観的に言語化し、交渉の場で適切に伝えることが、納得感のある価格につながります。

情報漏えいリスクの管理

M&Aの情報が外部に漏れた場合、従業員の離職・取引先の離反・競合他社への情報流出といったリスクが生じます。案件が進行中は、必要最小限の関係者にのみ情報を開示し、秘密保持契約を適切に活用することが不可欠です。

事業売買を成功させるためのポイント

早期の情報収集と準備

「売りたいと思ったときにすぐに動ける状態」を作るには、事前の準備が重要です。財務書類の整備・社内体制の整理・属人化している業務の仕組み化など、平時から取り組んでおくことで、買い手からの評価が高まります。

複数の買い手候補と並行して交渉する

買い手候補を一社に絞らず、複数の候補と並行して交渉することで、価格や条件の比較検討が可能になります。競争が生まれることで売り手にとって有利な条件を引き出しやすくなります。

専門家への相談を早めに行う

M&Aの経験がない経営者が一人で交渉に臨むことには大きなリスクがあります。M&A仲介会社やFA（フィナンシャルアドバイザー）、弁護士、税理士といった専門家のサポートを受けることが重要です。その際、仲介会社の立場（売り手・買い手の双方仲介か、売り手専属のアドバイザーか）を事前に確認しておくことも、情報の非対称性を減らすうえで有益です。

中小企業の事業売買の現状

帝国データバンクの2024年調査では、全国の企業の後継者不在率は52.1%とされており、依然として多くの企業が後継者問題を抱えています。足元では改善傾向も見られますが、高齢経営者の比率は依然として高く、廃業による社会的損失（雇用・技術・顧客基盤の喪失）の防止は引き続き重要な課題です。こうした背景から、国や各都道府県に設置されている事業承継・引継ぎ支援センターが、M&Aを含む事業承継の支援に力を入れています。

また、近年はインターネット上のM&Aプラットフォームが普及したことで、数百万円規模の小規模な事業売買から数億円規模の案件まで、幅広い売買が行われるようになっています。個人が副業や独立を目的として小規模な事業を買収するケースも増えており、売り手・買い手の裾野が広がっています。

国の後押しを受ける形で事業承継税制（株式等を一定条件下で贈与・相続する際の税負担を軽減する制度）も整備が進んでいます。事業承継・引継ぎ支援センター（全国47都道府県に設置）では、事業売買に関する無料相談を受け付けていますので、活用を検討してみてください。（参考：中小企業庁事業承継・引継ぎ支援センター）

事業売買を進める前に「セカンドオピニオン」を活用する

事業売買の交渉において、仲介会社やアドバイザーから提示される条件や価格が、本当に売り手にとって適切なものかどうか、自分だけでは判断が難しい場面があります。

こうした場面で役立つのが、M&Aセカンドオピニオンの活用です。M&Aインサイト（ma-insight.com）が提供するセカンドオピニオンサービスは、完全無料・成功報酬なしで、売り手経営者に寄り添う中立的な第三者意見を提供しています。

現在進行中の交渉条件が適切かどうか、提示されたスキームに問題がないか、契約書のどこに注意すべきか——こうした具体的な疑問を、日本M&Aセンター出身でM&A成約実績100件超の専門家に相談できます。

「すでに仲介会社と話が進んでいる段階だが、一度専門家の意見を聞いておきたい」という方でも、セカンドオピニオンとして気軽にご利用いただけます。お気軽に無料相談フォームよりご連絡ください。

よくある質問

Q. 事業売買にかかる期間はどのくらいですか？

A. 案件の規模・複雑さ・買い手の見つかりやすさによって異なりますが、一般的には着手から成約まで数ヶ月〜1年程度かかるケースが多く見られます。事前に財務・法務書類を整備しておくことで、期間を短縮できることがあります。

Q. 赤字・債務超過でも事業売買は可能ですか？

A. 財務状況が悪い場合でも、技術・人材・顧客基盤・許認可・ブランドなどに価値があれば、買い手が見つかるケースがあります。一方で、価格や条件の面では厳しくなりやすいため、なるべく早い段階で専門家に相談することをおすすめします。

Q. 事業売買の費用（手数料）はどのくらいかかりますか？

A. M&A仲介会社を利用する場合、着手金・中間報酬・成功報酬といった費用体系が一般的です。成功報酬はレーマン方式が広く使われていますが、何を基準額とするか（譲渡価額・企業価値・移動総資産など）は各社で異なり、同じレーマン方式でも基準額の違いで報酬額が大きく変わります。代表的なテーブルの一例としては「5億円以下の部分：5%、5億円超〜10億円の部分：4%、10億円超〜50億円の部分：3%」という階段式が知られていますが、各社によって料率やミニマムフィー（最低報酬額）の設定は異なります。また、成功報酬以外に着手金や中間金が発生することもあるため、費用体系は基準額の定義も含めて事前に詳細を確認し、納得したうえで契約することが重要です。

Q. 売り手は秘密を守りながら進められますか？

A. 秘密保持契約（NDA）を適切に締結することで、情報管理は可能です。ただし、デューデリジェンスが進むにつれて、一定の情報開示は避けられません。どの段階でどこまで開示するかを事前に計画しておくことが重要です。