システム開発会社（SES・受託開発）のM&A｜売却相場と評価のポイント

2026年7月21日

「エンジニアの採用が年々難しくなっている」「受託開発の受注が特定の元請けに偏っていて、この先も同じペースで事業を続けられるか不安だ」「後継者となる子どもや役員がおらず、この会社をどう畳むべきか、それとも誰かに引き継ぐべきか判断がつかない」——システム開発会社を経営する方の中には、こうした悩みを抱えながら日々の受託案件や納期対応に追われ、経営の将来像についてじっくり考える時間を持てずにいる方が少なくありません。

同業他社の廃業や身売りのニュースを目にするたびに、自社もいつか同じ道をたどるのではないかという漠然とした不安を感じつつも、M&A（合併・買収）という選択肢について、何から調べればよいのか、相場はどのくらいか、仲介会社にどう相談すればよいのかが分からず、結局先送りにしてしまうケースも多く見られます。

M&Aは、会社を「畳む」ための最終手段ではなく、これまで築いてきた技術・顧客基盤・従業員の雇用を守りながら、次の成長ステージに進むための経営判断のひとつです。特にシステム開発業界では、人材不足やクラウド化の進展を背景にM&Aが活発化しており、正しい知識を持って臨めば、売り手経営者にとって納得のいく着地点を見つけやすい環境になりつつあります。

そこで本記事では、システム開発会社のM&Aの基礎知識から、業界特有の動向・背景、手法の違い、売り手側のメリット・デメリット、具体的な進め方と期間の目安、企業価値評価と売却相場の考え方、仲介会社への手数料、業界特有の注意点、そして失敗しやすいパターンまで、情報収集を始めたばかりの経営者の視点に立って体系的に解説します。

この記事の監修者

森沢雄太

一般社団法人
M&Aセカンドオピニオン協会
代表理事

外資系銀行でのウェルスマネジメント業務を経て、日本M&Aセンターに入社。譲渡側アドバイザーとして100件超の成約に関与し、野村證券出向や福岡支店立ち上げも経験。2018年に日本投資ファンド立ち上げに参画し、投資先の再生にも成功。2022年、合同会社M&Aプレップを創業し、仲介会社・ファンドへの支援やオーナー向け売却準備、買収支援など幅広く展開。2024年には売却支援事業拡大のため株式会社企業経営支援機構を設立し代表に就任。加えて、M&Aにおける利益相反や情報格差の是正を目的とし、代表理事として一般社団法人M&Aセカンドオピニオン協会を設立。

システム開発会社のM&Aとは

M&A（Mergers and Acquisitions＝合併と買収）とは、複数の企業が経営統合したり、ある企業が他の企業の株式や事業を取得したりすることで、経営権や事業の一部・全部を移転させる取引全般を指す言葉です。システム開発会社のM&Aと言った場合、受託開発・SES（システムエンジニアリングサービス）・自社パッケージ開発・SaaS事業など、システム開発を主たる事業とする会社が、株式や事業の譲渡を通じて他社の傘下に入ったり、他社と経営統合したりする取引を指します。

M&Aの基礎知識について詳しく知りたい方は、こちらの記事もあわせてご覧ください。

M&Aの対象となるシステム開発会社の範囲

システム開発会社と一口に言っても、業務システムの受託開発を主とする会社、客先常駐型のSES事業を営む会社、自社でパッケージソフトやSaaSプロダクトを開発・販売する会社など、事業モデルはさまざまです。M&Aの実務では、こうした事業モデルの違いによって、買い手が重視する評価ポイントや、想定される買い手候補の顔ぶれも変わってきます。たとえば受託開発中心の会社であれば、特定分野の技術力や元請けとの取引実績が評価されやすく、SaaS事業を持つ会社であれば、継続収益（ストック収益）の安定性やプロダクトの独自性が重視される傾向があります。

事業モデル	収益の特徴	M&Aで評価されやすいポイント
受託開発（SIer・下請け含む）	案件ごとの請負契約が中心で、案件単位で収益が変動しやすい	特定分野の技術力、元請けとの直接取引比率、リピート受注の実績
SES（客先常駐）	エンジニアの稼働時間に応じた準委任契約が中心で、比較的収益が読みやすい	稼働率（アサイン率）の高さ、エンジニアの人数・単価、取引先の分散度
自社パッケージ・SaaS	導入後も継続的に課金される月額・年額課金が中心	解約率の低さ、契約継続率、プロダクトの独自性・拡張性

いずれの事業モデルであっても、契約形態や収益の安定性が異なれば、買い手が支払える対価の考え方も変わってきます。自社がどの事業モデルに近いかを整理しておくと、想定される評価ポイントをイメージしやすくなります。

M&Aと事業承継の関係

事業承継を目的としたM&Aの場合、単に会社を高く売ることだけが目的ではなく、「これまで一緒に働いてきた従業員の雇用を守りたい」「取引先に迷惑をかけずに引き継ぎたい」「自分が築いてきた技術やサービスを次の世代に残したい」といった、経営者としての想いが交渉の重要な判断軸になることが多くあります。M&A仲介会社や買い手候補との交渉においても、こうした譲れない条件を早い段階で明確にしておくことが、納得感のある着地につながります。

システム開発業界でM&Aが増えている背景・最新動向

システム開発業界では、近年M&Aが活発化する傾向が見られます。その背景には、業界特有の構造的な課題と、市場環境の変化が複合的に影響しています。

深刻化するIT人材不足

経済産業省が2019年に公表した「IT人材需給に関する調査」では、IT需要が中位で推移した場合、2030年には約45万人、高位で推移した場合には最大で約79万人のIT人材が不足すると試算されています（経済産業省、みずほ情報総研株式会社実施）。調査から一定の年数が経過しているため試算の前提条件は変化している可能性がありますが、エンジニアの採用競争が激化しているという実感を持つ経営者は多く、自社単独での採用・育成に限界を感じ、M&Aによって技術者集団ごと経営基盤を強化するという選択をする企業が増えている背景のひとつになっています。新卒・中途いずれの採用市場においても、システム開発の実務経験を持つ人材の獲得競争は激しく、採用広告費や紹介会社への手数料をかけても計画通りに採用できないという声も少なくありません。こうした状況下で、すでに技術者が在籍している会社をM&Aによって迎え入れることは、買い手にとって採用コストと時間を圧縮できる有効な手段として位置づけられています。

経営者の高齢化と後継者不在

帝国データバンクが2025年11月に発表した「全国『後継者不在率』動向調査（2025年）」によると、全国企業の後継者不在率は50.1％となり、前年から2.0ポイント低下し、7年連続で改善しました。もっとも、企業規模別にみると、中小企業では51.2％、そのうち小規模事業者に限ると57.3％と、依然として企業規模が小さいほど後継者不在率が高い状況にあります（帝国データバンク、2025年）。システム開発業界も例外ではなく、創業社長が高齢化する一方で、身内や社内に技術・経営の両面を承継できる後継者が育っていないケースが少なくありません。特に、創業社長自身がエンジニア出身で、技術面・営業面の両方を一手に担ってきたような会社では、経営とプログラミングの両方に精通した後継者候補を社内で育てること自体が難しく、結果として第三者への承継であるM&Aが現実的な選択肢として浮上しやすい傾向があります。

クラウド化・DX需要の拡大と業界再編

クラウドサービスの普及や企業のDX（デジタルトランスフォーメーション）需要の高まりを受け、IDC Japanが発表した国内IT市場の産業分野別予測によると、2025年の国内IT市場規模は前年比9.7％増の27兆8,953億円、2029年には34兆6,954億円（2024〜2029年の年平均成長率6.4％）に達すると見込まれています（IDC Japan、2025年発表）。市場が拡大する一方で、既存システムのクラウド移行やAI活用への対応力が問われる時代に入っており、技術トレンドに追いつくための開発体制強化を目的に、同業他社や異業種企業によるM&Aが活発化しています。

経済産業省が2018年に公表した「DXレポート」では、老朽化・複雑化・ブラックボックス化した既存システム（レガシーシステム）を放置した場合、2025年以降、システムを支えるIT人材の引退やサポート終了の影響により、最大で年間12兆円の経済損失が生じる可能性があると試算されています（いわゆる「2025年の崖」）。公表から年数が経過しているため前提条件の変化はあるものの、レガシーシステムの刷新需要は現在も多くの事業会社にとって課題であり続けており、こうした刷新案件に対応できる開発体制を確保する目的でM&Aが選択されることもあります。

ユーザー企業の内製化と異業種からの参入

DX推進の一環として、これまでシステム開発を外部委託していた事業会社が、開発機能を自社に取り込む「内製化」を進める動きも広がっています。内製化を急ぐ事業会社が、システム開発会社をM&Aによって取得し、開発チームごと自社グループに迎え入れるケースも見られます。また、異業種企業がIT分野に新規参入する手段としてシステム開発会社を買収する動きもあり、システム開発業界のM&Aは同業間だけでなく、異業種を交えた形でも進んでいます。

今後の見通しと売り手経営者への示唆

IT人材不足の解消には時間がかかると見込まれる一方、国内IT市場そのものは拡大が続くと予測されており、技術者を確保できている会社の価値は相対的に高まりやすい環境にあると考えられます。裏を返せば、後継者不在や人材確保の課題を抱えたまま経営を続けるほど、交渉力を保った状態でM&Aに臨める時間的な余裕は失われていく可能性があります。市場環境が追い風にある今のうちに、自社の現状を整理し、選択肢としてのM&Aを検討し始めることには一定の合理性があるといえるでしょう。

システム開発会社のM&Aの手法と違い

システム開発会社がM&Aを行う際に用いられる主な手法には、株式譲渡・事業譲渡・会社分割・合併があります。それぞれ法的な手続きや、売り手・買い手にとっての影響が異なるため、違いを理解した上で自社に適した手法を検討することが重要です。

手法	概要	主な特徴
株式譲渡	売り手企業の株主が保有株式を買い手に譲渡し、経営権を移転する	会社そのものが存続するため契約・許認可を包括的に引き継ぎやすい。中小企業のM&Aで最も多く用いられる
事業譲渡	会社が営む事業の全部または一部を、資産・契約・従業員などを個別に選んで買い手に譲渡する	譲渡対象を選別できる一方、契約の再締結や許認可の再取得が個別に必要になる場合がある
会社分割	会社の事業の一部を切り出し、新設会社または既存会社に包括的に承継させる	労働契約承継法に基づき、対象事業の従業員の労働契約が原則として承継される
合併	2つ以上の会社が1つの会社に統合される（吸収合併・新設合併）	消滅会社の権利義務を包括的に承継するが、対等な統合を志向する場合に用いられることが多い

中小企業のシステム開発会社のM&Aでは、会社そのものを丸ごと引き継げる株式譲渡が用いられることが多い傾向にあります。一方で、複数の事業を営んでいる会社が特定の事業だけを譲渡したい場合や、不要な資産・負債を切り離して譲渡したい場合には、事業譲渡や会社分割が選択されることもあります。どの手法が自社に適しているかは、会社の株主構成、保有資産・負債の内容、譲渡したい範囲によって変わるため、税理士やM&Aの専門家に相談しながら検討することが望ましいでしょう。

株式譲渡の仕組みや手続きの流れについては、株式譲渡で詳しく解説しています。

なお、会社分割には、既存の会社が事業を承継する「吸収分割」と、新しく設立する会社に事業を承継させる「新設分割」の2種類があります。たとえば、受託開発事業とSES事業を営むシステム開発会社が、SES事業だけを別会社として切り出し、受託開発事業に経営資源を集中させたいといった場合には、会社分割が選択肢に入ることがあります。どちらの分割方法を選ぶかによって、必要な手続きや対象となる契約・許認可の扱いが変わるため、こちらも専門家との相談が欠かせません。

なお、株式譲渡によって個人株主が得た譲渡益には、原則として20.315％（所得税・復興特別所得税・住民税の合計）の申告分離課税が適用されます（国税庁）。実際の税負担は取得費や各種控除の有無によって変わるため、具体的な税額については税理士に確認することをおすすめします。

このほか、買い手が上場企業などで自社株式を対価とする場合には、株式交換や株式交付といった手法が用いられることもあります。株式交換は、買い手企業が売り手企業を完全子会社化する際に、売り手株主に現金の代わりに買い手企業の株式を割り当てる手法です。株式交付は、買い手企業が売り手企業を完全子会社化するとは限らない点で株式交換と異なり、比較的新しく整備された制度です。中小企業のシステム開発会社のM&Aでは対価を現金とする株式譲渡が中心ですが、買い手の規模や意向によっては、こうした株式を対価とする手法が選択肢に入ることもあります。

システム開発会社を売却するメリット

システム開発会社の経営者がM&Aによる売却を選ぶことには、複数のメリットがあります。廃業という選択肢と比較しながら、それぞれの内容を確認していきましょう。

第一に、後継者不在の状態でも廃業を避け、会社と従業員の雇用を守れる点です。特にエンジニアは専門性の高い人材であり、廃業によって職を失うことは本人にとっても業界にとっても大きな損失です。M&Aによって経営基盤の大きな企業の傘下に入ることで、雇用が維持されるだけでなく、教育体制や福利厚生が充実し、従業員のキャリア形成にとってプラスに働くこともあります。

第二に、売却によって創業者利益を得られる点です。長年かけて築き上げてきた会社の企業価値を対価として受け取ることができ、経営者自身のセカンドキャリアや、引退後の生活資金として活用できます。

第三に、資本力のある買い手の傘下に入ることで、これまで自社単独では対応が難しかった大型案件の受注や、営業基盤・技術基盤の強化が期待できる点も見逃せません。買い手企業との間に生まれる相乗効果は「シナジー」と呼ばれ、たとえば買い手の持つ営業チャネルを活用した受注拡大や、買い手が保有する別分野の技術との組み合わせによる新サービスの開発などが典型例です。

第四に、経営者が会社の借入に対して差し入れている個人保証（経営者保証）から解放される可能性がある点です。中小企業の多くは、金融機関からの借入に際して経営者本人が連帯保証人となっていますが、M&Aによって株式や事業が買い手に譲渡される際、買い手が保証を引き継ぐ、または金融機関との協議により保証が解除されるケースがあります。ただし、保証の解除は自動的に行われるものではなく、金融機関との交渉が必要になる点には注意が必要です。

第五に、資本力・営業基盤のある企業の傘下に入ることで、これまで自社単独では踏み出せなかった地方拠点の開設や、海外市場への展開といった事業拡大のスピードを速められる可能性がある点も挙げられます。特にオフショア開発拠点を持つ買い手グループの傘下に入る場合は、開発コストの最適化や、新しい技術領域への挑戦がしやすくなることもあります。

システム開発会社の売却・M&Aのデメリット・リスク

一方で、システム開発会社のM&Aには、売り手として事前に理解しておくべきデメリットやリスクもあります。メリットだけに目を向けて交渉を進めると、後になって想定外の事態に直面することもあるため、事前に把握した上で対策を講じておくことが重要です。

まず、希望する条件で買い手が見つかるとは限らない点です。特定の技術分野に強みが偏っていたり、特定の元請けへの依存度が高かったりする場合、買い手にとってのリスクと見なされ、想定していたよりも評価が下がる、あるいは買い手候補が見つかりにくいという事態も起こり得ます。

次に、経営権が買い手に移ることで、これまでの経営方針や社風が変わる可能性がある点です。買収後の統合プロセスは「PMI（Post Merger Integration）」と呼ばれ、開発プロセスや評価制度、使用ツールなどが買い手側の基準に統一されることで、既存の従業員が戸惑いや不満を感じるケースも見られます。従業員への丁寧な説明とコミュニケーションが不足すると、優秀なエンジニアの離職を招き、結果的に買い手が期待していた技術力やチーム体制を維持できなくなるリスクもあります。

また、M&Aの検討段階から契約締結まで、取引内容が外部に漏れることを防ぐため秘密保持契約（NDA）を締結した上で情報交換が進められますが、それでも従業員や取引先に情報が伝わるタイミングや伝え方を誤ると、不安や憶測が先行し、経営の混乱を招く可能性があります。

さらに、最終契約書（DA）には、売り手が対象会社の財務状況や契約関係などについて事実と相違ないことを表明・保証する「表明保証」条項が盛り込まれることが一般的です。契約後に表明保証の内容と実態が異なることが判明した場合、損害賠償請求（表明保証違反に基づく補償請求）を受けるリスクがあるため、DD（デューデリジェンス）の段階で自社の状況を正確に開示しておくことが重要です。

加えて、経営者自身のキャリアに関わるデメリットもあります。契約内容によっては、譲渡後も一定期間は同業での再起業や転職が制限される「競業避止条項」が盛り込まれることがあり、売却後すぐに同じ業界で新たに会社を立ち上げるといった選択肢が取りづらくなる場合があります。契約前にこうした条項の有無・期間・範囲を確認し、自身の今後のキャリアプランと照らし合わせて交渉しておくことが望ましいでしょう。

こうしたデメリット・リスクを踏まえ、契約条件の妥当性について不安がある場合は、契約前に中立的な第三者の意見を聞いておくことも有効です。

無料相談・お問い合わせはこちら

システム開発会社のM&Aの流れ・プロセス

システム開発会社のM&Aは、一般的に以下のようなステップを経て進みます。案件の規模や交渉状況によって前後しますが、全体像を把握しておくことで、仲介会社やアドバイザーとのやり取りをスムーズに進めやすくなります。

M&A全般の検討から成約までの標準的な手順は、M&Aの流れで詳しく解説しています。

ステップ	主な内容	期間の目安
1. 検討・専門家への相談	M&Aの方向性の検討、仲介会社・FA（フィナンシャル・アドバイザー）への相談	1〜2ヶ月
2. 資料準備・仲介契約	企業概要書（IM）やノンネームシートの作成、仲介会社との契約締結	1ヶ月前後
3. 買い手候補の選定・打診	ノンネームシートを用いた匿名での打診、秘密保持契約（NDA）の締結	1〜3ヶ月
4. トップ面談・意向表明	経営者同士のトップ面談、買い手からの意向表明書（LOI）の提示、基本合意書（MOU）の締結	1〜2ヶ月
5. デューデリジェンス（DD）	財務・法務・技術（開発体制やソースコード資産）などの詳細調査	1〜2ヶ月
6. 最終条件交渉・最終契約	DD結果を踏まえた条件調整、最終契約書（DA）の締結	2週間〜1ヶ月
7. クロージング・PMI	対価の受け渡しと経営権の移転（クロージング）、統合プロセス（PMI）の実施	クロージングは即日〜数週間、PMIは半年〜数年

※期間はあくまで一般的な目安であり、対象会社の規模・複雑さ、買い手候補との交渉状況によって前後します。

意向表明書（LOI）と基本合意書（MOU）は、いずれも最終契約前の段階で取り交わされる書面ですが、性質が異なります。LOIは主に買い手候補から売り手に対して、買収条件の概要や意向を示す書面であり、実務上は複数の買い手候補との交渉を絞り込む段階で提示されることが多くあります。一方MOUは、LOIの内容を踏まえて売り手・買い手双方が合意した基本条件をまとめた書面で、独占交渉権の付与やDDへの協力義務など、一部条項に法的拘束力を持たせるのが一般的です。両者は必ずしも明確に区別されず、実務上は内容が重なる形で運用されることもあります。

デューデリジェンス（DD）は、買い手が対象会社の財務・法務・事業内容などを詳細に調査するプロセスです。システム開発会社のM&Aでは、財務・法務DDに加えて、開発体制やソースコード資産、使用しているオープンソースソフトウェア（OSS）のライセンス状況を確認する技術DDが実施されることも少なくありません。DDの結果、想定していなかったリスクが見つかった場合、譲渡価格の減額交渉や契約条件の見直しにつながることもあります。

M&Aの相談先の選択肢

M&Aを検討する際、最初にどこに相談すればよいか分からず足踏みしてしまう経営者は少なくありません。相談先には、それぞれ特徴の異なる複数の選択肢があります。

相談先	特徴
金融機関（取引銀行・信用金庫等）	普段から自社の財務状況を把握しており相談しやすいが、M&A専門部署の有無や実績は金融機関ごとに差がある
公的機関（事業承継・引継ぎ支援センター等）	中小企業庁の委託により全国47都道府県に設置されている公的相談窓口。無料相談が可能で、中立的な立場からの初期相談に向いている
士業（税理士・公認会計士・弁護士）	顧問税理士など普段の関係性がある専門家に相談できる安心感がある一方、M&A特有の実務経験には差がある
M&Aマッチングサイト	買い手候補を自らインターネット上で探せるプラットフォーム。手数料を抑えやすい一方、交渉や契約書作成は基本的に自分で対応する必要がある
M&A仲介会社・FA（フィナンシャル・アドバイザー）	買い手候補の探索から交渉、契約書作成まで一貫して伴走する。手数料は発生するが、専門知識のない経営者でも進めやすい

どの相談先が適しているかは、会社の規模や求めるサポートの範囲によって異なります。特に初めてM&Aを検討する場合は、いきなり1社の仲介会社と契約するのではなく、中小企業庁の委託により全国47都道府県に設置されている公的相談窓口「事業承継・引継ぎ支援センター」の無料相談や、複数の専門家の意見を聞いた上で、自社に合った進め方を選ぶことをおすすめします。

提示された条件が妥当か不安な場合は、セカンドオピニオンの活用も検討してみてください。

企業概要書（IM）とノンネームシートの役割

買い手候補への打診段階で用いられる書類として、企業概要書（IM：インフォメーション・メモランダム）とノンネームシートがあります。ノンネームシートは、社名を伏せた状態で、業種・所在地・売上規模・特徴といった概要のみを記載し、幅広い買い手候補に対して匿名で打診するための書類です。ノンネームシートを見た買い手候補が関心を持ち、秘密保持契約（NDA）を締結した段階で、初めて社名や詳細な財務情報を含む企業概要書（IM）が開示されます。この2段階の情報開示の仕組みにより、売却を検討している事実が、契約段階に至る前に無関係な取引先や従業員に伝わってしまうリスクを抑えることができます。

システム開発会社の企業価値評価とM&A・売却相場

システム開発会社を売却する際、譲渡価格の基準となる企業価値をどのように算定するかは、経営者にとって関心の高いテーマです。

企業価値評価の3つのアプローチについては、こちらでさらに詳しく解説しています。

企業価値評価の3つのアプローチ

企業価値評価の手法は、大きく3つのアプローチに分類されます。それぞれ着目する視点が異なるため、実務では複数のアプローチを組み合わせて評価額のレンジを把握するのが一般的です。

アプローチ	主な手法	考え方
コストアプローチ	純資産法（時価純資産法）	貸借対照表上の純資産を時価評価し直して算定する
インカムアプローチ	DCF法（ディスカウントキャッシュフロー法）	将来生み出すと見込まれるキャッシュフローを、リスクに応じた割引率で現在価値に割り引いて算定する
マーケットアプローチ	類似会社比較法（マルチプル法の一種。EBITDA倍率などを用いる）	類似する上場企業の株価指標（EBITDA倍率など）を参考に算定する

中小企業のM&A実務では、これら3つのアプローチを単独で用いるのではなく、簡便な指標を組み合わせて算定する「年買法（年倍法）」と呼ばれる考え方が広く使われています。年買法は、時価純資産に、営業利益（またはEBITDA）の数年分を加算して簡易的に企業価値を算定する方法で、中小企業のM&A実務で簡便法として広く参照されており、中小M&Aガイドライン（中小企業庁、第3版、2024年8月改訂）でも触れられています。ただし、年買法はあくまで簡便な目安を示す手法であり、単独の絶対的な基準として使われるというより、DCF法やマーケットアプローチと組み合わせながら、最終的な譲渡価格は買い手との交渉によって決まるのが実務上の一般的な流れです。

システム開発会社の場合、有形の設備投資が少なく、純資産だけを見ると評価額が小さくなりやすい一方、技術力やエンジニア体制、顧客基盤といった無形の価値が企業価値の大部分を占めることが少なくありません。そのため、純資産法（コストアプローチ）だけで評価すると実態より低く算定されがちで、収益力を反映できるインカムアプローチやマーケットアプローチ、あるいはそれらの考え方を織り込んだ年買法と組み合わせて評価することが重視される傾向にあります。

エンジニアの人数・単価を踏まえた相場感

システム開発会社の企業価値評価では、保有する技術資産や事業内容に加えて、在籍するエンジニアの人数や技術レベルが評価に反映されることがあります。買い手にとっては、経験豊富なエンジニアがどれだけ確保できているかが、買収後の事業運営における重要な判断材料になるためです。もっとも、エンジニアの人数や単価から機械的に企業価値を算出できるわけではなく、あくまで評価要素のひとつとして考慮される点に留意が必要です。実際の譲渡価格は、収益性・成長性・技術の独自性・顧客基盤の安定性など複数の要素を総合的に勘案して決まります。

買い手がシステム開発会社に対して重視する評価基準

企業価値評価の算定式だけでなく、買い手企業が実際にどのような視点でシステム開発会社を見ているかを理解しておくことも、交渉を有利に進める上で役立ちます。

買い手が特に重視するのが、保有する技術資産と、使用しているプログラミング言語・開発フレームワークの将来性です。すでに主流ではなくなりつつある古い技術に依存している場合、買収後の事業継続性に懸念を持たれることがあります。次に、収益基盤の安定性も重要な判断材料です。単発の受託案件が中心で売上が読みにくい会社よりも、保守・運用契約やSaaS型のストック収益を一定割合持つ会社の方が、将来の収益予測が立てやすく、評価されやすい傾向にあります。さらに、プロジェクトマネージャー（PM）層の厚さや組織としての遂行力も見られるポイントです。特定のカリスマ的なエンジニア一人に開発力が依存している状態は、その人物が離脱した場合の事業継続リスクとして評価を下げる要因になり得るため、組織としてプロジェクトを回せる体制があるかどうかが問われます。

売却相場に影響する主な変動要因

システム開発会社の売却相場は、以下のような要因によって変動します。一般に、収益の継続性や技術の独自性が高く、特定の取引先・エンジニア個人への依存度が低い会社ほど評価が上がりやすく、逆に単発案件への依存度が高く、少人数体制で属人的に業務が回っている会社は、事業継続リスクを理由に評価が伸びにくい傾向があります。

収益の安定性（受託案件の継続性、ストック型収益の比率）
元請けとの直接取引比率、特定顧客への依存度
保有する技術・特許・独自プロダクトの有無
エンジニアの人数・スキルレベル・平均勤続年数
財務内容（借入金の水準、簿外債務の有無）
のれん（買収価格が純資産を上回る部分。ブランド力や技術力、超過収益力を反映した無形の価値として扱われる）として評価される要素の大きさ

具体的な譲渡価格の水準を一律に示すことはできませんが、こうした要因を早い段階で整理し、自社の強み・弱みを客観的に把握しておくことが、納得感のある評価につながります。

システム開発会社のM&Aにかかる費用・手数料

M&Aを検討する際、仲介会社やアドバイザーに支払う手数料の水準も気になるポイントです。売却によって得られる対価から手数料が差し引かれることになるため、手数料の体系や水準をあらかじめ把握しておくことは、資金計画を立てる上でも欠かせません。

仲介会社・FAへの手数料（レーマン方式）

M&A仲介会社やFAへの成功報酬は、「レーマン方式」と呼ばれる算定方法が広く用いられています。レーマン方式は、譲渡金額（または移動総資産等）を一定の金額帯に区切り、金額帯ごとに異なる料率を掛け合わせて手数料を算定する考え方です。中小M&A実務で広く用いられている算定方式で、中小M&Aガイドライン（中小企業庁、第3版、2024年8月改訂）でも依頼者が留意すべき事項として言及されています。ただし、ガイドラインがレーマン方式そのものを公的な標準方式として定めているわけではなく、料率や区切り方、算定基準となる金額（譲渡価格を基準にするか、負債を含めた移動総資産を基準にするかなど）は仲介会社ごとに異なる点に注意が必要です。

レーマン方式の料率区分や計算方法の詳細は、レーマン方式で解説しています。

一般的に紹介されることが多い料率のイメージは、以下のとおりです。

対象金額帯	料率の目安
5億円以下の部分	5%
5億円超10億円以下の部分	4%
10億円超50億円以下の部分	3%
50億円超100億円以下の部分	2%
100億円超の部分	1%

上記はあくまで一例であり、実際の料率体系は仲介会社によって異なります。また、同じ「5％」という料率であっても、算定基準を譲渡価格（株価）とするか、負債を含めた移動総資産とするかによって、実際に支払う手数料の金額は大きく変わる点に注意が必要です。加えて、着手金や月額報酬（リテイナーフィー）、中間金の有無、最低成功報酬の設定、成約後一定期間は成約がなくても請求権が残る「テール条項」の有無も会社ごとに違いがあるため、契約前に複数社から見積もりを取り、料金体系を比較検討することが欠かせません。2025年8月には経済産業省が「中小M&A市場改革プラン」（中間とりまとめ）を公表し、仲介会社・FAの説明責任や手数料の透明性向上に向けた方向性が示されています。現時点では手数料の水準や算定方法そのものが法令で一律に定められているわけではなく、仲介会社ごとの違いを前提に比較検討する姿勢は引き続き重要です。仲介会社によって手数料体系が大きく異なるため、契約を決める前に中立的な立場から手数料の妥当性について意見を聞いておくことも有効です。

デューデリジェンス・専門家費用

仲介会社への手数料とは別に、DDを実施する税理士・公認会計士・弁護士などの専門家報酬も必要になります。DD費用は調査範囲や対象会社の規模によって幅がありますが、財務・法務それぞれの専門家に個別に依頼する場合、相応の費用がかかることを見込んでおく必要があります。近年は、譲渡側の負担を抑えるため、着手金無料・完全成功報酬制を掲げる仲介会社も増えていますが、その分成功報酬の料率が高めに設定されている場合もあるため、費用体系全体を確認した上で契約することが重要です。なお、DDの過程で技術面の調査（ソースコードレビューやOSSライセンス調査など）が必要になる場合は、税務・法務の専門家に加えて、ITに詳しい技術顧問やエンジニアリング分野のコンサルタントに依頼することもあり、その分の費用も見込んでおくと資金計画にずれが生じにくくなります。

消費税の取り扱いにも注意

M&Aの手法によって、消費税の課税関係が異なる点にも注意が必要です。株式譲渡は、株式という有価証券の譲渡にあたるため、消費税は非課税取引として扱われます。一方、事業譲渡の場合は、譲渡対象に含まれる棚卸資産・機械設備・のれんなどの資産の譲渡が消費税の課税対象となることがあり、譲渡価格の設計や資金計画に影響します（土地や有価証券など非課税とされる資産を除く）。どちらの手法を選ぶかによって税務上の取り扱いが変わってくるため、この点も踏まえて税理士に確認しながら手法を検討することをおすすめします。

システム開発会社のM&Aで特に注意すべき業界特有の論点

システム開発会社のM&Aでは、一般的なM&Aの留意点に加えて、業界特有の論点を押さえておく必要があります。無形資産の比率が高く、事業の中身が「人と技術」に依存しやすい業界であるからこそ、有形資産中心の業種とは異なる視点でのDDや交渉準備が求められます。以下では、特に見落とされやすい4つの論点を取り上げます。

ソースコード・知的財産・OSSライセンスの実態把握

システム開発会社が保有する最大の資産のひとつが、これまで開発してきたソースコードや技術ノウハウといった知的財産です。DDの過程では、自社が開発した成果物の著作権が本当に自社に帰属しているか（業務委託先のエンジニアが開発した部分の権利関係が整理されているか）、顧客から預かった開発物の権利がどちらに帰属するかが契約書上明確になっているかが確認されます。また、開発時にオープンソースソフトウェア（OSS）を利用している場合、そのライセンス条件（商用利用の可否、改変時のソースコード公開義務の有無など）を正確に棚卸ししておく必要があります。ライセンス違反のリスクが後から発覚すると、契約条項や違反内容によっては、譲渡価格の減額交渉や、差止め・是正要求・損害賠償請求といったリスクにつながることもあるため、売却を検討し始めた段階で、自社が利用しているOSSの一覧とライセンス条件を整理しておくことをおすすめします。特に、複数の顧客案件を長年手がけてきた会社ほど、案件ごとに異なる契約条件で開発を行っていることが多く、権利関係の棚卸しには相応の時間がかかる傾向があります。売却の意思が固まってから慌てて整理するのではなく、日頃から契約書やソースコードの管理体制を整えておくことが、いざという時の交渉をスムーズにします。また、システム開発会社のDDでは、ソースコードやOSSライセンスだけでなく、顧客データの管理体制、秘密情報へのアクセス権限、外部委託先の管理状況、脆弱性対応の履歴といった個人情報保護・セキュリティ体制も、買い手が重視する確認ポイントとして挙げられます。

元請け比率・多重下請け構造が評価に与える影響

システム開発業界には、大手SIer（システムインテグレーター）を元請けとし、二次請け・三次請けという形で業務が流れる、いわゆる多重下請け構造が根強く残っています。M&Aの評価においては、自社がどの階層で、どの元請けと直接取引しているか（元請け比率）が重視される傾向があります。一般に、元請けとの直接取引比率が高いほど利益率が高く、価格交渉力もあると見なされやすい一方、特定の一社への依存度が高すぎる場合は、その取引先を失った際の事業継続リスクとして評価を押し下げる要因にもなり得ます。SES中心の会社の場合は、エンジニアの稼働率（アサイン率）や、契約形態（準委任契約・派遣契約の別）が事業の安定性を示す指標として確認されることもあります。売却を検討する段階から、主要取引先との契約書や取引実績を整理し、自社の商流上の立ち位置を客観的に説明できるようにしておくと、DDの過程での質問にも落ち着いて対応しやすくなります。

エンジニアのリテンションとPMI（統合プロセス）

M&A成立後の統合プロセス（PMI）において、システム開発会社特有の課題として挙げられるのが、エンジニアの離職防止（リテンション）です。エンジニアは転職市場での需要が高く、M&Aによる経営体制の変化に不安を感じた優秀な人材から離職してしまうと、買い手が期待していた技術力やプロジェクト遂行能力を維持できなくなるおそれがあります。売り手側としては、M&Aの検討段階からできる範囲で従業員とのコミュニケーションを丁寧に行い、買い手企業とも従業員の処遇やキャリアパスについてあらかじめすり合わせておくことが望まれます。なお、経営者自身が一定期間、買収後も会社に残って引き継ぎに関与することを求められる場合があり、こうした売り手の関与継続義務は「ロックアップ」または「キーマン条項」と呼ばれます。ロックアップは同業他社への転職や起業を制限する「競業避止条項」とは異なる概念であり、混同しないよう注意が必要です。また、買収後の業績目標達成度に応じて譲渡対価の一部を追加的に支払う「アーンアウト条項」が設けられることもありますが、これは経営者の関与継続義務そのものとは別の契約条項である点も押さえておきましょう。

海外拠点・オフショア開発を持つ場合の留意点

ベトナムやインド、フィリピンなどにオフショア開発拠点を持つシステム開発会社の場合、国内のM&Aとは異なる留意点が加わります。現地法人の株式や資産の取得には、進出国ごとの外資規制や現地の会社法、労働法制への対応が必要になり、国内のDDに加えて現地の弁護士・会計士を交えた調査が求められることもあります。また、現地の商習慣や為替変動の影響、現地スタッフのマネジメント体制についても、買い手から詳しく確認されるポイントです。海外拠点を持つ会社の売却を検討する場合は、国内のM&Aよりも準備期間を長めに見込み、クロスボーダーM&Aの実務経験を持つ専門家に早めに相談しておくことが望ましいでしょう。

システム開発会社のM&Aの主な類型パターン

システム開発会社のM&Aは、買い手の属性によっていくつかの典型的なパターンに分類できます。個別の取引はそれぞれ事情が異なるため一般化には限界がありますが、典型的な類型を把握しておくことで、自社にとってどのような買い手候補が想定されるかをイメージしやすくなります。以下では、実務でよく見られる4つの類型を、一般化した典型パターンとして紹介します。

同業のシステム開発会社によるM&A

同業のシステム開発会社が買い手となるケースでは、エンジニアの人員確保や、自社にない技術分野・得意先の獲得を目的とすることが多く見られます。売り手にとっては、開発文化や業務プロセスが近いため、統合後のギャップが比較的小さく、従業員が新しい環境に馴染みやすいという利点があります。一方で、事業内容が近い分、買い手からは自社との重複部分や差別化ポイントを厳しく見られる傾向もあります。

異業種企業による内製化目的のM&A

自社の事業でDXを推進したい異業種の事業会社が、開発機能を内製化する目的でシステム開発会社を買収するケースです。買い手にとっては、外部委託していた開発コストの削減や、スピーディーな意思決定が期待できます。売り手側の従業員にとっては、これまでのような複数クライアント向けの受託開発から、買い手企業向けの開発が中心になるなど、業務内容が変化する可能性がある点は事前に理解しておく必要があります。

SES事業者・人材関連企業による人材基盤強化のM&A

人材派遣・人材紹介などを手がける企業が、エンジニアの人材基盤を強化する目的でSES事業を営むシステム開発会社を買収するケースも見られます。買い手が持つ営業基盤や採用ネットワークを活用できることで、売り手企業のエンジニアにとって新たな案件の選択肢が広がるという側面もあります。

投資ファンドによるM&A（グロース投資・バイアウト）

投資ファンドが買い手となるケースでは、事業の成長性を見込んだ出資や、経営体制の強化を通じた企業価値向上を目的とすることが一般的です。同業・異業種の事業会社が買い手となる場合と異なり、ファンドは一定期間後に株式を再度売却（エグジット）することを前提に投資するため、投資期間中の経営目標や、将来的な再売却の可能性についても事前に理解しておくことが望ましいでしょう。経営者自身がファンドの投資期間中も一定割合の株式を保有し続け、経営に関与しながら次の成長ステージを目指す「セカンダリー型」の資本参加が提案されることもあり、会社を完全に手放すのではなく、経営に関わり続けたいという希望を持つ経営者にとっては、検討に値する選択肢のひとつになり得ます。

これらの類型はあくまで一般的な傾向であり、実際の交渉では複数のパターンが組み合わさることや、想定していなかった業種の企業から打診を受けることもあります。仲介会社に相談する際は、こうした類型を参考にしつつ、自社がどのタイプの買い手に魅力を感じてもらいやすいかを一緒に整理してもらうとよいでしょう。

システム開発会社のM&Aを成功させるためのチェックリスト

M&Aの検討を始める前、あるいは仲介会社との契約前に、以下の項目を確認しておくことで、後々のトラブルを避けやすくなります。チェックリストの各項目は、本記事で解説してきた内容と対応していますので、判断に迷う項目があれば、該当する章を読み返してみてください。

自社の強み（技術分野、元請けとの直接取引比率、独自プロダクトの有無）を客観的に整理できているか
財務状況（借入金、簿外債務、未払残業代の有無など）を正確に把握し、必要に応じて是正できているか
保有するソースコード・知的財産の権利関係、利用しているOSSのライセンス条件を棚卸しできているか
個人保証（経営者保証）の状況と、M&A後の取り扱いについて金融機関に確認する準備ができているか
従業員への説明タイミングと伝え方について、方針を固められているか
提示されている仲介会社・FAの手数料体系（レーマン方式の料率、着手金・中間金の有無）が、自社の案件規模に照らして妥当か確認できているか
複数の仲介会社・専門家の意見を比較検討する時間を確保できているか
自社がどの類型の買い手（同業・異業種・投資ファンドなど）に魅力を感じてもらいやすいか、仲介会社とすり合わせできているか
譲渡後、自身が経営に関与し続けたいか、それとも早期に退任したいか、希望する関わり方を整理できているか

システム開発会社のM&Aで失敗しやすいパターンと対策

システム開発会社のM&Aでは、いくつかの典型的な失敗パターンが見られます。多くは、準備不足や情報共有の不足が原因で生じるものであり、事前に把握しておくことで、同じ失敗を避けやすくなります。

情報開示が不十分なまま契約を進め、DDの段階や契約後になって未払残業代・簿外債務・OSSライセンス違反といった問題が発覚し、譲渡価格の減額交渉や表明保証違反による補償請求につながるケースがあります。対策としては、売却を検討し始めた早い段階で、自社の財務・法務・技術面の状況を専門家とともに棚卸しし、開示すべき情報を整理しておくことが有効です。

従業員への説明が後回しになり、M&Aの成立が公表された段階で初めて情報が伝わることで、不安や不信感から優秀なエンジニアの離職が相次いでしまうケースもあります。検討の初期段階から、開示できる範囲で従業員に方針を伝え、丁寧なコミュニケーションを重ねることが対策になります。

仲介会社の提示する条件を十分に比較検討せず、最初に相談した1社の提案をそのまま受け入れてしまい、後になって「もっと良い条件の買い手がいたのではないか」「手数料が相場より高かったのではないか」と後悔するケースも見られます。契約を急がず、複数の仲介会社や専門家の意見を聞いた上で判断することが、納得のいく結果につながります。

また、特定の元請け1社への依存度が高いまま交渉に臨んだ結果、買い手から事業継続リスクを指摘され、想定より低い評価にとどまってしまうケースもあります。可能であれば、売却を検討し始めた段階から取引先の分散を進めておくことも、企業価値を維持する上で有効な対策です。

DDへの対応準備が不足しており、資料の提出や質問への回答に時間がかかった結果、交渉が長期化してしまうケースもあります。交渉が長引く間に、M&Aの検討が社内外に漏れ伝わり、エンジニアの離職や取引先の不安を招いてしまうこともあるため、DDで求められやすい資料（決算書・契約書・就業規則・技術資産の一覧など）は、仲介会社との契約前からある程度整理しておくと、交渉全体をスムーズに進めやすくなります。

よくある質問

システム開発会社のM&Aの基本的な流れは？

専門家への相談から始まり、資料準備、買い手候補の選定・打診、トップ面談、基本合意（MOU）、デューデリジェンス（DD）、最終契約（DA）締結、クロージングという流れで進みます。詳しい流れと期間の目安は本記事の「システム開発会社のM&Aの流れ・プロセス」で解説しています。

システム開発会社のM&Aにかかる期間はどのくらいですか？

検討開始から最終契約・クロージングまでで、半年〜1年程度が一つの目安です。買い手候補の選定状況や、DDで確認事項が多く見つかった場合などは、これより長引くこともあります。

赤字や債務超過のシステム開発会社でも売却できますか？

赤字や債務超過があっても、技術力や顧客基盤、エンジニアの人数といった無形の価値が評価され、M&Aが成立するケースはあります。特に、赤字の理由が一時的な先行投資や特定案件の不採算によるものであり、事業自体の収益力に問題がない場合は、買い手にとって改善余地のある投資対象と見なされることもあります。ただし、財務状況が厳しいほど買い手候補は限られやすく、評価にも影響するため、早めに専門家に相談し、現実的な選択肢を検討することが望ましいでしょう。

個人保証（経営者保証）はM&A後どうなりますか？

株式譲渡によって経営権が買い手に移る場合、買い手が保証を引き継ぐ、または金融機関との協議により保証が解除されるケースがありますが、自動的に解除されるわけではありません。M&Aの交渉と並行して、金融機関に個人保証の取り扱いについて確認しておく必要があります。

従業員（エンジニア）の雇用はM&A後も継続されますか？

株式譲渡の場合、雇用契約を含め会社そのものが存続するため、雇用契約は原則としてそのまま継続されます。事業譲渡の場合は雇用契約が自動的には承継されないため、従業員の個別同意を得た上での再契約が必要になり、会社分割の場合は労働契約承継法に基づき、対象事業に主として従事する従業員の労働契約は原則として承継されます。いずれの手法を用いるかによって手続きが異なるため、事前に専門家に確認しておくことが重要です。雇用契約そのものが継続される場合でも、給与体系や評価制度、使用ツールなどはPMIの過程で買い手側の基準に統一されていくのが一般的であり、変化への理解を従業員に丁寧に説明していくことが求められます。

M&A仲介会社を選ぶ際に確認すべきポイントは？

システム開発・IT業界でのM&A実績があるか、手数料体系（レーマン方式の料率、着手金・中間金の有無、最低手数料）が明確に説明されているか、担当者とのコミュニケーションが円滑に取れるかといった点を確認することが重要です。また、仲介会社が売り手・買い手の双方から手数料を受け取る「両手仲介」なのか、売り手側だけに立つ「片手仲介・FA形式」なのかによって、立場や利益相反の考え方が異なる点も理解しておくとよいでしょう。1社の提案だけで判断せず、複数の専門家の意見を比較検討することをおすすめします。

システム開発会社のM&Aに事業承継税制は使えますか？

事業承継税制は、非上場株式等を親族内や従業員（内部昇格）などの後継者に承継する際に、贈与税・相続税の納税が猶予・免除される制度です。M&Aによる第三者への株式譲渡は、事業承継税制の直接の適用対象ではありません。事業承継の手法として親族内承継や従業員承継とM&Aのどちらを選ぶかによって、活用できる制度や税務上の取り扱いが異なるため、税理士に相談しながら検討することをおすすめします。

エンジニア数名の小規模なシステム開発会社でもM&Aは可能ですか？

在籍するエンジニアが数名程度の小規模な会社であっても、特定分野の技術力や、安定した取引先を持っていれば、M&Aの対象となり得ます。むしろ、大手仲介会社よりも小規模案件に対応しやすい仲介会社や、M&Aマッチングサイトを活用することで、案件規模に見合った相手先を見つけやすくなる場合もあります。規模が小さいことを理由に最初から選択肢を狭めず、複数の相談先に当たってみることをおすすめします。

M&A後、経営者は会社を退任しなければなりませんか？

必ずしも退任が必須というわけではありません。買い手企業の意向によっては、譲渡後も一定期間、代表者や役員として会社に残り、引き継ぎや技術指導に関わることを求められるケースもあります（ロックアップ・キーマン条項）。逆に、譲渡後は速やかに退任し、セカンドキャリアに進みたいという希望がある場合は、その旨を早い段階で買い手候補や仲介会社に伝え、条件交渉に反映させることが重要です。

まとめ

システム開発会社のM&Aについて、基礎知識から業界特有の動向・手法・メリット・デメリット・流れ・企業価値評価・費用・注意点までを解説しました。最後に要点を整理します。

システム開発業界では、深刻化するIT人材不足、経営者の高齢化・後継者不在、クラウド化やDX需要の拡大を背景に、M&Aが事業承継や経営基盤強化の有力な選択肢として定着しつつあります。M&Aは会社を畳むための最終手段ではなく、従業員の雇用や技術・顧客基盤を守りながら、次の成長ステージに進むための経営判断のひとつです。

一方で、手法の選択（株式譲渡・事業譲渡・会社分割・合併）、企業価値評価の考え方、仲介会社への手数料体系、そしてソースコードやOSSライセンス、多重下請け構造、エンジニアのリテンションといった業界特有の論点まで、専門知識が必要な局面は多岐にわたります。情報開示の不十分さや従業員への説明不足、仲介会社の比較検討不足が典型的な失敗パターンとして挙げられるため、早い段階から自社の状況を整理し、信頼できる専門家のサポートを受けながら進めることが、納得のいく結果につながります。

買い手候補には、同業のシステム開発会社、内製化を目指す異業種企業、人材基盤強化を図るSES関連企業、成長投資を行う投資ファンドなど、複数の類型があります。自社にとってどのような買い手候補が想定されるかを早い段階でイメージし、仲介会社や専門家と一緒に整理しておくことが、条件面での交渉力を保つことにもつながります。

「M&Aを検討しているが何から始めればよいか分からない」「今受けている提案の条件が妥当か、第三者の意見を聞いてみたい」という場合は、ぜひ無料相談を活用してください。

無料相談・お問い合わせはこちら

監修者情報

本記事は、一般社団法人M&Aセカンドオピニオン協会代表理事・森沢雄太氏（日本M&Aセンター出身・M&A成約実績100件超）の監修のもと作成しました。記事内の情報は執筆時点（2026年7月）のものです。制度・統計・事例は今後変更・更新される可能性がありますので、最新情報は中小企業庁等の公的機関や各社の公表資料でご確認ください。個別の税務・法務判断については、税理士・弁護士等の専門家にご相談ください。

よかったらシェアしてね！

URLをコピーしました！