M&A支援機関登録制度とは？登録の有無で何が変わるか

2026年9月1日

自社の将来を見据えてM&Aや事業承継を検討し始めると、必ずといっていいほど「M&A支援機関」という言葉に出会います。しかし、仲介会社、フィナンシャル・アドバイザー（FA）、金融機関、税理士や公認会計士、マッチングサイトなど、M&Aに関わる相談先は多岐にわたり、どこに、どのタイミングで相談すればよいのか迷う経営者は少なくありません。

M&A全体の基礎知識からおさらいしたい方はこちらの記事もご覧ください。

M&A支援機関とは？基礎知識と種類

M&A支援機関とは、企業の合併・買収（M&A）や事業承継に関する相談・助言・仲介などの支援業務を行う法人・個人の総称です。特定の資格を持つ者だけが名乗れる名称ではなく、M&A仲介会社をはじめ、金融機関、士業事務所、マッチングプラットフォームの運営会社などが幅広く含まれます。

ただし、後述する「M&A支援機関登録制度」の対象となる「支援機関」は、この一般的な言葉の範囲よりも狭く定義されています。登録制度上は、フィナンシャル・アドバイザー（FA）業務または仲介業務を行う者に限って対象とされており、業種は問わないものの、デューデリジェンス（DD、買収監査）のみを行う士業や、マッチングの場の提供のみを行うプラットフォームなど、FA・仲介業務そのものを行わない事業者は登録対象外です。この違いを押さえておくと、以降の説明が理解しやすくなります。

まずは代表的な支援機関の種類と、それぞれの立ち位置の違いを押さえておきましょう。

M&A支援機関の主な種類

M&A支援機関は、大きく次のような形態に分けられます。

M&A仲介会社：売り手・買い手の双方から依頼を受け、両者の間に立って中立的な立場で条件を調整し、交渉をまとめる形態です。
FA（フィナンシャル・アドバイザー）：売り手または買い手いずれか一方の代理人として、依頼者の利益を最大化する立場で交渉を行います。
金融機関：取引先企業の財務状況を把握している地方銀行や信用金庫などが、融資先の相談を受けてM&A支援業務やマッチングを行うケースです。自社で仲介・FA業務を行う場合は登録制度の対象になります。
税理士・公認会計士などの士業：顧問先企業からの相談をきっかけに、企業価値評価やデューデリジェンス（DD、買収監査）の一部を担うことがあります。DD等の一部業務のみを行う場合は登録制度の対象外ですが、自らFA業務や仲介業務を行う場合は対象となります。
M&Aプラットフォーム：インターネット上で売り手・買い手のマッチングの場を提供する事業者です。マッチングの場の提供のみであれば登録対象外ですが、自社で仲介・FA業務を行う場合は対象となります。
事業承継・引継ぎ支援センター：中小企業庁が所管し、全国47都道府県48か所に設置されている公的な相談窓口です。

仲介会社とFAの違いは特に誤解されやすいポイントです。仲介会社は双方の間に立って調整を行うのに対し、FAはあくまで一方の代理人として、依頼者側の利益を優先して交渉を進めます。どちらが優れているというものではなく、自社がどちらの立場で支援を受けたいかによって選び方が変わります。

この違いについては、M&A仲介会社とFAの違いで詳しく解説しています。

「M&A支援機関登録制度」とは何か

M&A支援機関という言葉とセットでよく登場するのが「M&A支援機関登録制度」です。これは中小企業庁が運営する公的な登録制度で、一定の基準を満たしたM&A仲介業者・FAを登録し、その情報を公表する仕組みです。次の章で詳しく解説します。

M&A支援機関登録制度の概要・登録要件・遵守事項

M&A支援機関登録制度は、中小企業が安心してM&Aに取り組める環境整備を目的に、中小企業庁が運営する公的な登録制度です。制度の背景と、登録に必要な要件、登録後に求められる遵守事項を順に見ていきましょう。

制度創設の目的

M&A支援機関登録制度は、令和3年（2021年）8月に中小企業庁によって創設されました。中小企業庁は、中小M&Aガイドラインの理解と普及を促すとともに、M&A支援機関に一定の規律を持たせることで、中小M&A市場全体の環境整備を図ることを制度の目的として掲げています（出典：中小企業庁「M&A支援機関登録制度について」）。

登録支援機関の数は年々増加しており、中小企業庁の公表によれば2026年3月9日時点でフィナンシャル・アドバイザー及び仲介業者の登録件数は3,399件（法人2,606件・個人事業主793件）にのぼります。制度創設から数年で、中小M&A市場における主要な支援機関の多くがこの制度に登録している状況がうかがえます（出典：中小企業庁「M&A支援機関登録制度に係る登録フィナンシャル・アドバイザー及び仲介業者の公表」2026年3月9日公表分）。

登録要件

M&A支援機関登録制度への登録を受けるためには、主に次のような要件を満たす必要があります。

「中小M&Aガイドライン」の遵守を誓約していること
契約締結前に、報酬体系（着手金、成功報酬、最低報酬額など）を含む重要事項について書面（重要事項説明書等）で顧客に説明し、契約書を交付する体制を整えていること
あわせて、登録制度のホームページ（データベース）上で自社の手数料体系を公表していること
反社会的勢力に該当せず、そのような勢力との関係性がないこと

なお、中小M&Aガイドラインは2024年8月30日に第3版が公表され、2025年1月1日から適用されています。第3版では、契約締結前に顧客へ書面で説明すべき事項が拡充され、報酬の算定方法や料率テーブル、最低報酬額といった代表的な項目についても、事前に明示することが求められるようになりました。整理すると、中小M&Aガイドラインは登録の有無にかかわらず中小M&Aに関わる支援者全体に向けた指針であり、登録制度はそのうちFA・仲介業務を行う者を対象に、ガイドライン遵守と情報開示の状況を確認する仕組みという関係になります。M&Aの報酬体系には「レーマン方式」と呼ばれる、譲渡金額などに一定の料率を掛けて算出する方式が広く使われていますが、算定の基準（株式価値のみを基準とするか、負債等を含めるか等）には複数の考え方があり、支援機関ごとに定義が異なる点には注意が必要です。

報酬算定の考え方については、レーマン方式で詳しく解説しています。

登録後の遵守事項と登録取り消し

登録を受けたM&A支援機関には、登録後も継続的な遵守事項が課されます。具体的には、中小M&Aガイドラインを遵守している旨を自社ホームページで宣言すること、契約締結に際して顧客へ事前にガイドラインの遵守について説明すること、登録制度のホームページ上で手数料体系の公表を継続すること、そして毎年度、前年度における中小M&Aの実績・活動報告を行うことなどが求められます。

一方で、次のような事由に該当する場合には登録が取り消される仕組みも設けられています。

中小M&Aガイドラインや登録時の誓約事項に違反したとき、または登録要件を満たさなくなったとき
情報提供受付窓口に不適切な対応に関する相談等が寄せられ、顧客の利益を害する事実またはそのおそれが認められるとき
不正な手段によって登録を受けたとき
反社会的勢力に該当し、またはそれらとの関係性が認められたとき

登録制度は、支援機関に一定の規律を求める仕組みではありますが、登録されていること自体が個々の支援機関の実務品質や成約実績まで保証するものではない点は、後の章で改めて触れます。

【比較表】M&A支援機関の種類別の特徴・報酬体系

支援機関ごとに立場や報酬体系の傾向は異なります。相談先を検討する際の参考として、代表的な特徴を整理しました。

種類	主な役割	報酬体系の傾向	登録制度との関係
M&A仲介会社	売り手・買い手双方の間に立ち、交渉をまとめる	レーマン方式（複数の算定方法あり）が中心	登録対象
FA（フィナンシャル・アドバイザー）	一方当事者の代理人として交渉・助言	レーマン方式＋着手金等の組み合わせが多い	登録対象
地方銀行・信用金庫等	融資先企業の情報をもとに紹介・仲介	取引内容により異なる	自社で仲介・FA業務を行う場合は登録対象
税理士・公認会計士	顧問先の相談対応、企業価値評価やDD支援	時間制・顧問料型が多い	FA・仲介業務を行う場合のみ登録対象（DD等のみは対象外）
M&Aプラットフォーム	マッチングの場を提供	掲載料・成功報酬型が多い	自社で仲介・FA業務を行う場合は登録対象
事業承継・引継ぎ支援センター	公的な相談窓口、候補企業の紹介等	相談は無料	公的機関のため登録制度の対象外

表からも分かるとおり、同じ「M&A支援機関」という言葉でくくられていても、立場や報酬の仕組みは大きく異なります。特に仲介会社とFAは、どちらの利益を優先する立場にあるかという構造の違いがあるため、契約前にこの点を明確に説明してくれるかどうかも支援機関選びの判断材料になります。

M&A支援機関を利用するメリットと注意点

M&A支援機関を活用することには明確なメリットがある一方、経営者が見落としがちな注意点も存在します。両面を理解したうえで活用を検討しましょう。

メリット

登録M&A支援機関を活用する主なメリットは次のとおりです。

まず、中小M&Aガイドラインの遵守を宣言し、報酬体系を書面および登録制度のデータベース上で明示することが登録要件となっているため、相談先選びの一定の判断材料になります。次に、事業承継・M&A補助金の専門家活用枠では、公募要領で定める要件を満たす登録M&A支援機関（FA・仲介業者）の活用費用等が補助対象とされる公募回があり、買い手支援類型・売り手支援類型のいずれについても、登録支援機関を利用することが補助金活用の前提条件となるケースがあります（対象類型・補助率・上限額は公募回ごとに異なるため、検討時には必ず最新の公募要領を確認する必要があります）。そして、専門家の関与によって、財務・法務の専門知識を持たない売り手が交渉で不利な立場に置かれることを防ぐ、情報格差の是正という役割も期待されています。

注意点・デメリット

一方で、次のような点には注意が必要です。

登録はあくまで最低限の規律の遵守を誓約したものであり、個々の支援機関の実務品質や成約実績、業種への精通度合いまでを保証するものではありません。また、レーマン方式に基づく報酬体系は支援機関ごとに算定基準が異なり、同じ譲渡金額でも手数料の総額に差が生じることがあります。契約前に料率テーブルや最低報酬額を必ず書面で確認することが欠かせません。さらに、仲介会社とFAでは依頼者に対する立場が異なるため、「自社の味方として動いてくれるのはどちらか」という視点を持たずに契約すると、後になって想定していた支援内容と実際の対応にずれを感じるケースもあります。

信頼できるM&A支援機関の選び方【チェックリスト】

支援機関選びで失敗しないためには、公的な情報源を活用しつつ、契約前に確認すべきポイントを押さえておくことが重要です。

登録支援機関データベースの活用

中小企業庁が運営するM&A支援機関登録制度の公式サイトでは、登録支援機関を検索できるデータベースが公開されています。ここでは、各支援機関が中小M&Aガイドラインの遵守を宣言しているかに加え、成功報酬率や報酬基準額（譲渡額・純資産・移動総資産等のいずれを基準とするか）、最低手数料、着手金や中間報酬の有無といった手数料体系の詳細を確認できることが多く（公表項目の粒度は支援機関によって差があります）、相談を検討している支援機関が実際に登録されているかどうか、また具体的な料金水準を確かめる第一歩として活用するとよいでしょう。

契約前に確認すべきポイント

登録の有無に加えて、次のような点を契約前にチェックしておくことをおすすめします。

中小M&Aガイドラインの遵守宣言が自社サイトに明示されているか
重要事項として、報酬体系（着手金・成功報酬・最低報酬額）が書面に具体的に記載されているか
自社の業種・規模に近い成約実績を具体的に開示しているか
仲介・FAいずれの立場で支援するのかを明確に説明してくれるか
契約解除後も一定期間、成功報酬を請求できる「テール条項」の対象範囲や期間を説明しているか（対象候補の範囲が広い、または期間が長いほど、契約解除後に想定外の手数料が発生するリスクが高まる点に注意）
苦情や疑問点を相談できる窓口の案内があるか

これらは中小M&Aガイドライン第3版が支援機関に求める書面説明事項とも重なる部分が多く、丁寧に説明してくれる支援機関ほど、ガイドラインへの理解と遵守姿勢がうかがえます。

M&A支援機関を利用する流れと期間の目安

M&A支援機関に相談してから成約に至るまでは、一般的に次のような流れで進みます。下表の期間はあくまで一例であり、特に企業概要書（IM）の打診からデューデリジェンス（DD）、最終契約に至る各ステップは、買い手候補の数や交渉の進み方、案件の規模によって大きく前後します。

ステップ	内容	期間の目安
初回相談・秘密保持契約（NDA）締結	支援機関に相談し、詳細情報を共有するための秘密保持契約を結ぶ	数日〜数週間程度
企業概要書（IM）の作成・打診	自社の情報を匿名化した「ノンネームシート」で買い手候補に打診し、関心を持った先にIM（企業概要書）を開示する	1〜2か月程度
トップ面談・意向表明書（LOI）	買い手候補の経営者と面談し、条件のすり合わせを行う。買い手から意向表明書（LOI）が提示されることもある	1〜2か月程度
基本合意書（MOU）の締結	主要な条件について大枠の合意をし、独占交渉権などを定める	数週間程度
デューデリジェンス（DD）	財務・法務・事業内容などについて買い手側の専門家が調査を行う	1〜2か月程度
最終契約書（DA）の締結・クロージング	最終条件を確定し契約を締結、株式や事業の引き渡しを行う	数週間〜1か月程度

M&A全体の流れをステップごとにさらに詳しく知りたい方はこちらをご覧ください。

支援機関選びで陥りやすい失敗パターンと対策

M&A支援機関の選定では、実務上よく見られる典型的な失敗パターンがあります。一般化した傾向として、以下のようなケースが挙げられます。

一つ目は、最初に相談した1社の提示条件をそのまま鵜呑みにしてしまうパターンです。報酬体系や譲渡価格の考え方は支援機関ごとに異なるため、複数の支援機関や専門家の意見を比較検討しないまま契約すると、条件の妥当性を判断する材料が不足しがちです。二つ目は、仲介会社とFAの立場の違いを理解しないまま契約し、交渉が進んでから「思っていたより自社の利益を代弁してもらえていない」と感じるケースです。三つ目は、登録制度に登録されていることをもって「安心できる支援機関」と即断し、実績や専門分野の確認を怠ってしまうパターンです。

支援機関選びで実際に起きているトラブル事例は、M&A仲介でよくあるトラブルで詳しく解説しています。

これらの対策としては、契約前に複数の支援機関から説明を受けて条件を比較すること、仲介とFAのどちらの立場を求めているのかを自分の中で整理しておくこと、そして登録の有無だけでなく実績・専門分野・報酬体系を具体的に確認することが基本になります。

支援機関を選ぶ前に押さえたい「セカンドオピニオン」という視点

ここまで見てきたように、M&A支援機関の選定は、登録制度という判断材料があるとはいえ、報酬体系や立場の違いなど、経営者自身が見極めなければならない要素が数多くあります。特に、初めてM&Aを検討する経営者にとっては、提示された条件やアドバイスの妥当性を独自に判断するのは容易ではありません。

支援機関選びに迷ったときの相談先として、セカンドオピニオンの活用法もあわせてご覧ください。

よくある質問（FAQ）

Q1. M&A支援機関はすべて中小企業庁の登録制度に登録されているのですか？ A. いいえ、登録は義務ではなく任意です。ただし、事業承継・M&A補助金の専門家活用枠では、公募要領で定める登録M&A支援機関の活用費用等が補助対象とされる公募回があるため、補助金の利用を検討している場合は登録状況と最新の公募要領を必ず確認しておくことが重要です。

Q2. 登録支援機関を使わないとM&Aはできませんか？ A. 登録の有無にかかわらずM&A支援を依頼すること自体は可能です。ただし、登録支援機関は中小M&Aガイドラインの遵守や報酬体系の書面明示を誓約している点が、相談先を選ぶ際の判断材料の一つになります。

Q3. 仲介会社とFAはどちらを選べばよいですか？ A. 一律の正解はありません。売り手・買い手の間に立って調整を求めるなら仲介会社、自社の利益を代弁する立場を明確に求めるならFAという整理が一般的ですが、いずれの場合も契約前に立場の違いを丁寧に説明してもらうことが大切です。

Q4. 登録支援機関の手数料はどこで確認できますか？ A. 登録支援機関は、M&A支援機関登録制度のホームページ（データベース）上での手数料体系の公表が義務付けられているため、公式サイトで料率や報酬基準を確認できることが多いです。あわせて各社のホームページに料金表が掲載されているケースもありますが、最終的な料率は個別の契約内容によって変わるため、契約前に書面で確認することが必要です。

Q5. 登録が取り消された支援機関を見分ける方法はありますか？ A. 中小企業庁のM&A支援機関登録制度の公式サイトに掲載されている登録支援機関データベースで、現在の登録状況を確認できます。相談を検討している支援機関が最新の公表情報に含まれているかを確かめるとよいでしょう。

Q6. 複数のM&A支援機関に同時に相談してもよいですか？ A. 契約前の相談段階であれば、複数の支援機関から説明を受けて条件を比較することは一般的に行われています。ただし、特定の支援機関と契約（専任契約など)を締結した後は、契約内容によって他社への並行相談に制約が生じる場合があるため、契約条件をよく確認しておく必要があります。

まとめ

M&A支援機関には仲介会社、FA、金融機関、士業、プラットフォームなど多様な形態があり、それぞれ立場や報酬体系が異なります。中小企業庁が運営するM&A支援機関登録制度は、中小M&Aガイドラインの遵守や報酬体系の公表・説明を求めることで、売り手が支援機関を選ぶ際の判断材料を提供する仕組みですが、登録されていること自体が実務品質や成約実績まで保証するものではありません。

信頼できる支援機関を選ぶためには、登録の有無に加えて、実績・専門分野・報酬体系の透明性を具体的に確認する姿勢が欠かせません。そのうえで、提示された条件やアドバイスに迷いが生じたときは、契約前の段階で中立的な第三者に意見を求めることも、後悔のない意思決定につながる一つの方法です。

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監修：森沢雄太（一般社団法人M&Aセカンドオピニオン協会代表理事／日本M&Aセンター出身／M&A成約実績100件超）

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